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RT-PCR スタンダードについて トピック削除
No.5857-TOPIC - 2017/03/24 (金) 20:31:46 - 初心者

RT-PCRのスタンダードの引き方について質問です。

私は今、マウスの各臓器でのmRNAの相対定量を行なっています。コントロールマウスと、ある刺激後のマウスから何種類かの臓器を取り出し、totalRNAの抽出、RNase処理、cDNA合成を行いました。

次にRT-PCRを行う予定なのですが、有意差を取るためには一対、ニ対、三対と個体数が増えると思います。そこでスタンダードはどのように決定すればいいのか教えていただけると幸いです。

例えば、
各臓器ごとにスタンダード専用のRNAを抽出、cDNAを合成し、一対目、二対目、、、と同じスタンダードを使い、統計処理を行う。

それとも、
同腹のマウスを用いて、一対目のスタンダードは同腹のマウスで引き、二対目は二対目と同腹のマウスでスタンダードを引き、統計処理を行う。

簡単に言いたいことは、スタンダードは一つの実験で統一し統計処理を行うべきか、相対定量なのでスタンダードは毎回違うものを用いてもいいものなのかということが現在悩んでいるので、ご教授願います。
 
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No.5857-9 - 2017/03/27 (月) 14:45:03 - おお
あまり経験がないようなので、共通したスタンダードをでやったほうが良さそうです。毎回のブレなどがどの程度あるかなど(実験的で起こるブレなのか手技でブレるものかなど含めて)把握しておいたほうがいいのかと思いますので。

(無題) 削除/引用
No.5857-8 - 2017/03/26 (日) 09:43:46 - おお
一回でやるqPCRないだけで相対的な比較をやるのでしたらその都度違うスタンダードであっても構わないと思います。一回目、二回目を比較したいときに共通のスタンダードを使っておかないと比較が難しくなります。

データーの処理で共通の尺度を用意しないで、一回でやったqPCRの差を計算して、サンプル数を増やして統計処理するのか。共通の尺度を用意しておいてその尺度上で数値を求めて計算するのかにもよるとおもいます。

スタンダードがコピー数とか何グラムとか値がはっきりしてないなら共通に同じスタンダードを使っても、やはり相対的なので相対という言葉はこの場合混乱を生じます。

(無題) 削除/引用
No.5857-7 - 2017/03/26 (日) 01:56:20 - 直輝
実験内容の説明が下手なので、何が聞きたいのかよく分かりません…(汗)

「有意差を取るためには一対、ニ対、三対と個体数が増えると思います。」
→一対、二対って何ですか?
 同腹のマウスで、コントロール群と刺激群を作っていて、それを一対と書いているのかな?
 一対、二対、三対とは、上記の実験を同じ内容で3回繰り返すってことかな?


簡単に言いたいことは、スタンダードは一つの実験で統一し統計処理を行うべきか、相対定量なのでスタンダードは毎回違うものを用いてもいいものなのか
→基本的には、相対定量なので検量線は毎回違うcDNAでひいて良いと思います。

(無題) 削除/引用
No.5857-6 - 2017/03/25 (土) 20:13:40 - 初心者

おお様

まだ定量PCRを始めたばかりなので、全てを把握できてるわけではないのですいません(_ _)

自分の考え的には、qPCRの結果をグラフ化し、試行回数分で平均を取ることになるとおもうので検量線用に全て統一するのが理想なのかなとは考えています。
あくまでも相対値を求めるので、その指標が違うものだと変なのかなと思いました。

何かアドバイスを下さると幸いです。


DNaseですね、、、間違えて書いてました(TT)

(無題) 削除/引用
No.5857-5 - 2017/03/25 (土) 17:53:37 - おお
>RNase処理
突っ込まなかったけど、、、ケアレスミスかと思ったので、、、

(無題) 削除/引用
No.5857-4 - 2017/03/25 (土) 17:52:12 - おお
じゃあ何のために検量線引くのか考えれば答えが出るんじゃないか?それに加えて検量線を共通にするとその検量線を引く目的が達成されるのか、そうでなくても達成できるのかは検量線のあなたの実験に対しての意義が明確だったらかんたんに判断できるでしょう。

(無題) 削除/引用
No.5857-3 - 2017/03/25 (土) 12:28:39 - 初心者
おお様

そうです!検量線を引くということです!

(無題) 削除/引用
No.5857-2 - 2017/03/25 (土) 12:04:51 - おお
検量線引きたいってことか?

RT-PCR スタンダードについて 削除/引用
No.5857-1 - 2017/03/24 (金) 20:31:46 - 初心者

RT-PCRのスタンダードの引き方について質問です。

私は今、マウスの各臓器でのmRNAの相対定量を行なっています。コントロールマウスと、ある刺激後のマウスから何種類かの臓器を取り出し、totalRNAの抽出、RNase処理、cDNA合成を行いました。

次にRT-PCRを行う予定なのですが、有意差を取るためには一対、ニ対、三対と個体数が増えると思います。そこでスタンダードはどのように決定すればいいのか教えていただけると幸いです。

例えば、
各臓器ごとにスタンダード専用のRNAを抽出、cDNAを合成し、一対目、二対目、、、と同じスタンダードを使い、統計処理を行う。

それとも、
同腹のマウスを用いて、一対目のスタンダードは同腹のマウスで引き、二対目は二対目と同腹のマウスでスタンダードを引き、統計処理を行う。

簡単に言いたいことは、スタンダードは一つの実験で統一し統計処理を行うべきか、相対定量なのでスタンダードは毎回違うものを用いてもいいものなのかということが現在悩んでいるので、ご教授願います。

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