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KOマウスに残っている逆向きNeo配列について トピック削除
No.5864-TOPIC - 2017/03/29 (水) 04:39:02 - とある大学院生
いつも参考にさせていただいております。

大学院で研究をしておりまして、この度前任者が管理していたKOマウスラインを引き継いで、新たな実験を始めることとなりました。
申し送りの際に、
@Constructに逆向きのNeo配列が残存している
A特段Neo配列の影響はない様子
BCre-loxpシステムで標的エキソン+Neo配列を飛ばして組織特異的KOマウスとして実験に使っていた
旨の説明を受けました。
朧げな記憶で、逆向きのNeo配列の残存は標的遺伝子の発現に影響を与えやすいと理解していたので、その点について質問をしましたが、前任者はそのような話は聞いたことがないようでした。
その後気になって色々と調べてみましたが、はっきりした記述を見つけることはできませんでした。Neo配列の前後にFRT配列があるので、その気になればFlp-FRTシステムでNeo配列を飛ばすことができるのですが、当然実験に使えるようになるまでに相当の時間を要してしまうため、どうしようか迷っております。
実際に逆向き(正方向でも構いません)残存Neo配列で、組織特異的KOマウスの実験に支障を来すような影響を経験された方や、なぜ逆向きNeo配列だと影響が出やすいのかご存知の方がおられましたら、教えていただけますと幸いです。
よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.5864-5 - 2017/03/30 (木) 22:03:56 - とある大学院生
ご意見ありがとうございます。
皆様のおっしゃる通り、やはりNeo配列は抜いてしまった方が結局は近道な気がしてきました。その方向でボスと相談してみようと思います。

ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.5864-4 - 2017/03/29 (水) 13:02:44 - AA
影響の有無がケースバイケース、と言うのは各先生方が既にお答えの通りだと思います。
実際、質問者さんの場合も影響はないかもしれません。

が、影響があるかもしれないという可能性を否定できない以上、
のちのちになってからreviewerに、Neoを抜け、と言われたら
目も当てられないので、Flpで抜ける構造にしてあるわけですし、
今のうちから対策しておいたほうが、よろしいかと思います。

(無題) 削除/引用
No.5864-3 - 2017/03/29 (水) 08:22:01 - ものくろ
TK-1さんと同じ意見です。

私がUTSWから貰ったフロックスドマウスはWTのマウスに比べクレ陰性でも20%の遺伝子発現しかありません。向きは関係なく、ケースバイケースだと思いますが、早めに抜いておいた方がいいかもしれませんね。

必要かどうかはWTのマウス(同じ遺伝的背景を持つことが望ましいですが)とクレ陰性のフロックスマウス間で当該遺伝子の発現を比較してみたらいいと思います。

(無題) 削除/引用
No.5864-2 - 2017/03/29 (水) 07:04:45 - TK-1
向きに関係なく影響が出る場合はそれなりにありますよ。ない場合もあるんですが、これは個々のケースで変わるようですよ。constitutiveなKOでとりあえず、その遺伝子が飛んでくれればいいというのなら(とりあえず周りの遺伝子に影響があるかないかは別にして)使っている人が多いというか、古いノックアウトのほとんどはNeoが残っていたりしますが、conditional KOというのはCreがでていない細胞での遺伝子が正常であるという前提なので、私ならとっととFlp-tgにかけて飛ばします。時間がかかるのと、時間が経った後に問題が見つかって全部やり直すのとどっちがいいかという問題です。

KOマウスに残っている逆向きNeo配列について 削除/引用
No.5864-1 - 2017/03/29 (水) 04:39:02 - とある大学院生
いつも参考にさせていただいております。

大学院で研究をしておりまして、この度前任者が管理していたKOマウスラインを引き継いで、新たな実験を始めることとなりました。
申し送りの際に、
@Constructに逆向きのNeo配列が残存している
A特段Neo配列の影響はない様子
BCre-loxpシステムで標的エキソン+Neo配列を飛ばして組織特異的KOマウスとして実験に使っていた
旨の説明を受けました。
朧げな記憶で、逆向きのNeo配列の残存は標的遺伝子の発現に影響を与えやすいと理解していたので、その点について質問をしましたが、前任者はそのような話は聞いたことがないようでした。
その後気になって色々と調べてみましたが、はっきりした記述を見つけることはできませんでした。Neo配列の前後にFRT配列があるので、その気になればFlp-FRTシステムでNeo配列を飛ばすことができるのですが、当然実験に使えるようになるまでに相当の時間を要してしまうため、どうしようか迷っております。
実際に逆向き(正方向でも構いません)残存Neo配列で、組織特異的KOマウスの実験に支障を来すような影響を経験された方や、なぜ逆向きNeo配列だと影響が出やすいのかご存知の方がおられましたら、教えていただけますと幸いです。
よろしくお願いします。

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