SDSを加える、加えないバッファーの組成が不明なのでなんとも言えません。あと使うマテリアルも、、、
SDSなしでも細胞を破砕してやるといろいろな蛋白は溶出してきます。例えばPBSのようなバッファーでほうれん草をミキサーにかけて遠心すると、細胞内の蛋白成分をある程度抽出できます。その中には葉緑体なども含んでいます。
Mammalianの細胞では、同じような細胞破砕で細胞質の成分がかなり出てきます。膜成分は溶けてはないので膜タンパクは膜に埋まったままですた、比較的弱い遠心では分離できませんので、バッファー中にとどまっている場合もあります。遠心でちゃんとわけれるのは細胞の核です。細胞破砕を物理的にやらずよわいデタージェントを使う時があります。濃度、種類は目的によりピンきりです。例えばTriton X100など０．１％ぐらいであれば細胞膜がフラグメントになる程度です。核の蛋白はほぼ溶けずに核の構造を維持しているでしょう。
デタージェントの濃度を上げていくと核を含めいろいろな溶けにくいタンパク質が溶出してきます。１％Triton X100で抽出してTotal Lysatesとするひともいます。ただそれでもクロマチンや核マトリクスはかなりインタクトな状態で残ってます。RIPA bufferと言うのもあり、こちらのほうが１％Triton X100より抽出力が高いです。
デタージェントを使わずとも塩濃度を上げるとクロマチンやそこについたタンパク質はかなり効率的に抽出できます。また酸性溶液で塩基性タンパク質だけを効率的に抽出すると言う方法もあります。
また、１０％SDSとかいてますが、ファイナルでそんなに高い濃度では一般的な生化学の実験では使わないと思いますが、、、一般的ということなので実験によっては使うのかもしれませんけど。。。
蛋白抽出、可溶化は奥が深いのでじっくり生化学的な解説をお読みください。 |
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