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DNA抽出で白い粉が残る トピック削除
No.61-TOPIC - 2012/01/20 (金) 19:08:30 - コロタン
お世話になります。現在、会社で生物系の仕事を始めたところで、生物系出身の者が誰もおらず、このフォーラムで質問させていただきました。
実は、大腸菌JM109を形質転換後、プラスミド抽出(アルカリSDS法)を行っているのですが、最終工程(エタ沈後に一度真空乾燥する)で、白い粉が残るのです。最初はDNAだと思っていたのですが、その後TEバッファーに溶解させても、懸濁しているだけで、溶けている感じはありません。透明の糊上のものが残ることもあります。おそらく、こちらはDNAの結晶と思われます。その場合は、TEに瞬時に溶けます。この粉が何かを教えて頂きたくよろしくお願いいたします。参考書などにも記載されていなかったもので、ぜひともお願いいたします。
 
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No.61-7 - 2012/01/24 (火) 11:15:24 - AP
核酸の沈殿をdry in vacuoするのが常識だったのは、そうとう昔の話(Molecular Cloning 第一版, Maniatisのころ)。今は、百害あって一利なし(結晶水まで奪われて変成したり、再溶解しくくなる)なので、自然乾燥するというのが常識的になっていると認識しています。

お礼 解決済み 削除/引用
No.61-6 - 2012/01/24 (火) 11:10:21 - コロタン
返事が遅くなってすみません。
Harmonia さん
中年 さん
T-2 さん
~ さん

迅速なご回答本当に感謝いたします。
皆様のご回答と私の操作を併せて考えると、
おそらくタンパクの混入と真空乾燥のしすぎの両方が
疑われます。
確かに、再度フェノクロエタ沈で白い結晶が取り除かれる
こともありますし、厳密に真空乾燥の時間を計っていない
ので、真空引きしすぎているかも知れません。
次回から、注意してやってみたいと思います。
どうもありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.61-5 - 2012/01/23 (月) 09:36:06 - ~
私が操作しているときに出てくるのはタンパク質の持込だと思っていますが、
真空ポンプで引いているのであれば不溶化したDNAかもしれませんね。

私ならばフェノクロ→エタ沈を再度やります。

(無題) 削除/引用
No.61-4 - 2012/01/20 (金) 22:23:19 - T-2
プラスミドDNAのエタ沈後、真空乾燥しすぎるとペレットは白くなり、
TEバッファーに再溶解しにくくなります。
おそらく白い粉は乾燥しすぎたDNAだと思います。
経験上、真空乾燥でなくてもエタノールを丁寧に取り除き、
チューブの蓋をあけて室温で30分くらい乾燥させるだけでも問題ありません。
ペレットが半透明〜透明くらいがTEバッファーによく溶けると思います。

(無題) 削除/引用
No.61-3 - 2012/01/20 (金) 21:04:44 - 中年
アルカリSDS法の原報通りの操作しかしていないのであれば、溶けない部分は変性タンパク質の持込みでしょう。白い粉には短鎖のRNAも含まれていると思います。

(無題) 削除/引用
No.61-2 - 2012/01/20 (金) 20:28:49 - Harmonia
手袋の白い粉、ってことはないでしょうね?

ぼくはキットを使わないので分からないのですが、
カラムの何かが壊れてもれてきたとか?

DNA抽出で白い粉が残る 削除/引用
No.61-1 - 2012/01/20 (金) 19:08:30 - コロタン
お世話になります。現在、会社で生物系の仕事を始めたところで、生物系出身の者が誰もおらず、このフォーラムで質問させていただきました。
実は、大腸菌JM109を形質転換後、プラスミド抽出(アルカリSDS法)を行っているのですが、最終工程(エタ沈後に一度真空乾燥する)で、白い粉が残るのです。最初はDNAだと思っていたのですが、その後TEバッファーに溶解させても、懸濁しているだけで、溶けている感じはありません。透明の糊上のものが残ることもあります。おそらく、こちらはDNAの結晶と思われます。その場合は、TEに瞬時に溶けます。この粉が何かを教えて頂きたくよろしくお願いいたします。参考書などにも記載されていなかったもので、ぜひともお願いいたします。

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