BioTechnicalフォーラム [GFPとEGFPの配列]

GFPとEGFPの配列

No.6233-TOPIC - 2017/08/22 (火) 10:15:02 - GFP

GFPとEGFPの配列は異なるのでしょうか？
EGFPの配列をもとに設計したプライマーで15年以上前のGFPがクローニングされたプラスミドを鋳型にPCRで増やそうと思ったのですが、いろいろ条件を変えても増えません。
それとも、プライマーに制限酵素サイトなどを付けているから何かまずいのでしょうか？
よろしくお願い致します。
　

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No.6233-10 - 2017/08/23 (水) 16:34:13 - おお

データーベースサーチなんかすれば、実際には実用化されていない生物種のGFPファミリーも引っかかるかもしれないですね。

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No.6233-9 - 2017/08/23 (水) 15:10:14 - Too

10年以上前だっとと思いますが、journalの広告欄にどこかの会社が、「わが社のGFP (EGFP?)はヒト最適化しているから哺乳細胞で発現させても細胞毒性が低く発現が持続する」とうたっているのをみたことがあります。
核酸配列が異なるのはそのような改変のバリエーションによるものなのかもしれません。

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No.6233-8 - 2017/08/22 (火) 23:33:21 - mon

doiさん、そうでしたか、申し訳ないです。

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No.6233-7 - 2017/08/22 (火) 23:10:54 - おお

要するにプライマーの配列が、ターゲットのシーケンスにあるのかわからないとなんの解決にもなりません

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No.6233-6 - 2017/08/22 (火) 20:09:07 - doi

オワンクラゲ(Aequorea victoria)由来GFPは4量体ではありません。

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No.6233-5 - 2017/08/22 (火) 13:16:08 - mon

オリジナルのオワンクラゲ由来GFP(4量体）を元に単量体で機能する変異を導入しコドンをヒトに最適化したEGFPの塩基配列はかなり変わっていると思うよ。e=enhancedの意味です。

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No.6233-4 - 2017/08/22 (火) 11:02:38 - AP

>各社から出ているプラスミドにクローニングされたGFPの配列を比較しているのですが、一致していないものもあったり、よく分かりません。。。

だったらEGFPとGFPが一致しているかというよりそもそもGFPと言われるものの中にヴァリエーションがあるって事じゃないか。あるGFPはEGFPと一致しているが別のGFPは一致していないってこともありうるわけで。あなたのGFPの由来が分からない以上、他所のひとに聞いても無駄ってことじゃない？

プラスミドから両末端だけでも自前でシークエンス読んだらいいんじゃない？
どうせPCRで増やした後にもシークエンス確かめる必要あるんでしょう。

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No.6233-3 - 2017/08/22 (火) 10:53:28 - GFP

GFPの配列って一様ですか。。。？
ネットに落ちているGFPの配列はもちろん、各社から出ているプラスミドにクローニングされたGFPの配列を比較しているのですが、一致していないものもあったり、よく分かりません。。。

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No.6233-2 - 2017/08/22 (火) 10:29:20 - AP

データベースで配列を取得して比較すりゃいいんじゃない。その上でプライマーが配列の異なる部分に当たっているかどうか。

なんか不思議な質問

GFPとEGFPの配列

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No.6233-1 - 2017/08/22 (火) 10:15:02 - GFP

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