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IHCの定量化?等々 トピック削除
No.6367-TOPIC - 2017/10/05 (木) 23:41:49 -
はじめまして医療系の学部生のものです。
現在研究室にて研究を行っているのですが、その手法に関して疑問があります。

1 DABで染めたIHCに対して某社の顕微鏡とソフトウェアを用いて自動的にカウントすることで染まった細胞数を半定量的にカウントする、といったデータを用いて論文化を進めているのですが、こういった手法のみで論文になるものなのでしょうか?
似たような手法を用いているものも無くはないのですが、多くは複数人の検鏡及びその他のrPCR等の定量性が確立されているような手法を併用しているように見受けられます。

2 臨床系の学会には出しましたが、臨床講座なので、上の先生方も忙しく満足な指導のFBを受けているとはいえず、(もちろん自分の研究ということはわかっていますが)学部生のみで統計の手法を決定し、そこにテクニカルなことに対するチェックが入らないまま自分の方が統計には詳しいというような状況になってしまいました。もちろん先生方が臨床で忙しいということは理解しており不満はありませんが、全て学部生一人に任せて万が一何かミスが発覚した場合に後々問題にならないものなのでしょうか。
責任のがれをするつもりは全くありませんが、追証実験なども自身でおこなって生データは全く見られないというのは普通なのでしょうか?

以上2点ご助言をいただければ幸いです。
 
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No.6367-5 - 2017/10/06 (金) 19:55:13 - AP
>1 DABで染めたIHCに対して某社の顕微鏡とソフトウェアを用いて自動的にカウントすることで染まった細胞数を半定量的にカウントする、といったデータを用いて論文化を進めているのですが、こういった手法のみで論文になるものなのでしょうか?

半定量的にカウントするというのはどういうことでしょうか?
カウントというからには、染色ありなしの判断をしてありの細胞の数を数えるってことに聞こえますけれど。

染色ありなしの判断ならともかく、染色の濃さの測定値に意味があるかどうか?
差があるかないか判定できるか、それが生理的な差を反映しているか、それを実現するための実験・測定手法が妥当かどうか、ということにかかってくると思います。いくら統計で有意差が出たって前提から無意味ということもありえます。

peroxidase/DABの染色だと、間に酵素反応が挟まって増幅がかかったり、染色の色調がカメラに乗りにくかったりして、それで定量的に測定ができるか(標的量と測定値がちゃんと相関をするか、その相関がことなる試料間でどれほど一致するのか)はかなり不安です。すくなくともなにかしらのValidationをして自信がもてないかぎり、私はやりたくない。

(無題) 削除/引用
No.6367-4 - 2017/10/06 (金) 18:31:52 - おお
免疫染色はあまり手広くはやらないので、直接的な答えはかけませんが、例えば分子生物学ならMolecular cloningとかいう感じの物の本があるのでは?それと発表されている論文を複数読めば筋道も立つでしょう。

IHCの定量だけでいいかどうかは状況次第ではないかと思います。まあWBが一緒にあれば説得力はあると思いますけど。臨床のサンプルだと固定された組織しか残ってない(手に入らないということ)もあるでしょうし、IHCで決着をつけざる負えないこともあるでしょうし。臨床サンプルでそれ以上無理なら動物モデルや細胞で検証してみるというてもあることはあります。またいまはRNseqなどいろいろな組織、病態でやられていますし、そういうのを見つけて辻褄があうか検証するという手もあります。

(無題) 削除/引用
No.6367-3 - 2017/10/06 (金) 00:44:29 - 讃岐うどん



IHCの定量にはImage Jを使うことが多いとおもいます。フリーでDLできます。はじめてだと使い方がよくわからないとおもいますので、経験者に習ったほうがいいです。病理の教室に相談すればたぶんわかるひといるとおもいます。

ラボ実験のようにサンプル数の少ないデータの統計は実際には自分流(あるいは研究室の流儀で)であまり手法の妥当性を考えずに機械的に検定しているところも少なくないとおもいますが、医療系大学ならば、常勤または非常勤で生物統計学の担当教員がいるとおもうのでコンサルトしてみたらどうでしょうか。

IHCの定量化?等々 削除/引用
No.6367-2 - 2017/10/05 (木) 23:43:54 - 卵
書き忘れましたが実験ノートはもちろんつけています。

IHCの定量化?等々 削除/引用
No.6367-1 - 2017/10/05 (木) 23:41:49 -
はじめまして医療系の学部生のものです。
現在研究室にて研究を行っているのですが、その手法に関して疑問があります。

1 DABで染めたIHCに対して某社の顕微鏡とソフトウェアを用いて自動的にカウントすることで染まった細胞数を半定量的にカウントする、といったデータを用いて論文化を進めているのですが、こういった手法のみで論文になるものなのでしょうか?
似たような手法を用いているものも無くはないのですが、多くは複数人の検鏡及びその他のrPCR等の定量性が確立されているような手法を併用しているように見受けられます。

2 臨床系の学会には出しましたが、臨床講座なので、上の先生方も忙しく満足な指導のFBを受けているとはいえず、(もちろん自分の研究ということはわかっていますが)学部生のみで統計の手法を決定し、そこにテクニカルなことに対するチェックが入らないまま自分の方が統計には詳しいというような状況になってしまいました。もちろん先生方が臨床で忙しいということは理解しており不満はありませんが、全て学部生一人に任せて万が一何かミスが発覚した場合に後々問題にならないものなのでしょうか。
責任のがれをするつもりは全くありませんが、追証実験なども自身でおこなって生データは全く見られないというのは普通なのでしょうか?

以上2点ご助言をいただければ幸いです。

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