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(無題) 削除/引用 No.645-7 - 2012/06/19 (火) 17:07:22 - う っていうか、組織をいきなり注射針とシリンジでホモジナイズするの きついのでは（物理的に）ないでしょうか？ ソニケーションまでは必要ないと思います。やったことありません。 が、ホモジナイザーは使ってやった方が簡単だし、 組織に関しては、一般的だと思いますが。 あと、核膜を壊して収量アップとありますが、スプライシングされたmRNAは ほとんど大多数が細胞質にあるのではないでしょうか？？ （この辺は詳しい方に訂正していただければ幸いです）

組織名は出したほうがいいのでは？ 削除/引用 No.645-6 - 2012/06/19 (火) 09:27:49 - ~ ホモジナイザーを使わずにいきなり注射器で処理できるのは、脾臓あたりでしょうか。 >加えてBioruptorでSonicationをかけた方がRNAは多くとれてくる シリンジの径や見た目の状態がわかりませんが、 この結果からだけでは、ソニケーションで壊れるのは核膜ではなく組織自体で、シリンジでは組織が壊れていないためにRNAが回収できていないとも解釈できるのではないでしょうか。 >私の経験ではシリンジと注射針を用いてホモジナイズしていくと、だんだん粘性が強く感じるようになります。 RNA回収時にシリンジを通す目的の一つにゲノムDNAの切断があり、その場合は粘性が低くなります。少なくとも培養細胞であれば、18G位の注射針でゆっくり押し出していくと、一滴ずつぽたぽた落ちるくらいに粘性が低くなります。 そのため、粘性が強くなるのであれば、核膜が壊れることにより放出されたゲノムDNAが切断される状態に至っていないか、その組織特有の現象なのかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.645-5 - 2012/06/18 (月) 23:54:03 - AP いきなりシリンジでホモジナイズしているんですか？ 培養細胞ならともかく、組織片の場合はホモジナイザでホモジナイズしてから注射針じゃないですか。

マウスの組織摘出後のホモジナイズについて(RNA抽出編) 削除/引用 No.645-4 - 2012/06/18 (月) 23:10:26 - バグ 様々な回答ありがとうございます。 一つ追加で言わせて頂くと、Lysis BufferとしてはTRIzolを使用しています。 私の経験ではシリンジと注射針を用いてホモジナイズしていくと、だんだん粘性が強く感じるようになります。 これは核膜まで破砕できている指標にして良いでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.645-3 - 2012/06/18 (月) 21:54:57 - 直輝 TRIzolに入れて、ポリトロンで潰してます。 Sonicationは検討したことがありません。 APさんの仰るようにLysis Bufferにもよるんじゃないですかね

(無題) 削除/引用 No.645-2 - 2012/06/18 (月) 19:06:01 - AP 抽出法によると思うんですが、たとえばAGPC法など変性剤+界面活性剤中でホモジナイズするなら核膜なんか簡単に破れますけれど（だからゲノムDNAの粘性が問題になる）。 もしソニケーションに利点が見いだせているとしたら、やはりゲノムDNAの破砕、断片化が注射針に通すより徹底しているからではないでしょうか（高分子のDNAはRNAを道連れに分離してしまう）。一方、ソニケーションは核酸を断片化します。RNAの収量は上がるとしても品質を落とすんじゃないでしょうか。

マウスの組織摘出後のホモジナイズについて(RNA抽出編) 削除/引用 No.645-1 - 2012/06/18 (月) 18:39:05 - バグ マウスの組織を用いたmRNA発現解析の際に、 通常は組織摘出後はシリンジと注射針を用いてホモジナイズして組織破砕した後、RNA抽出へと進んでいました。 しかし一部の意見では、それだけでは不十分であり、加えてBioruptorでSonicationをかけた方がRNAは多くとれてくると言います。 その理由としては、シリンジと注射針を用いただけでは細胞内の核膜までは破砕できず、結果的にRNAが拾ってこれず収率は悪くなるという考えです。 実際に、Sonicationを行ったサンプルと行わなかったサンプルで比較して確認しているみたいです。 皆さんはRNA抽出前の組織ホモジナイズはどうされていますか？

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