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メチル化シトシンの比率について トピック削除
No.6583-TOPIC - 2018/01/15 (月) 08:58:43 - Paya
エピジェネティクス素人の質問をお許しください。
Nature 549, 476-481 (2017)
ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28825709

上記論文中のFig.2に、5hmCと5mC及び5mCとCの比率を調べた結果が出ています。
Ascorbateの欠乏で5hmC:5mC比が低下することはわかるのですが、
その際に5mC:C比に変化が見られないことの理解ができません。
脱メチル化の低下によって5mCが増えるような気がするのですが、、、
お詳しい方、なぜそうなるのか理由を教えていただけませんでしょうか？
　
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(無題) 削除/引用
No.6583-4 - 2018/01/16 (火) 05:08:18 - おお
5hmC：5mCで、5hmCは多くて２％ほどなので、反応の速さ、ダイナミクスなどを無視しているかもしれませんが、５mCのなかの２％の変化を５mC：Cで検出できるだろうか。
ただ、いろいろ考察をする上でのいい指摘だとはおもいます。

(無題) 削除/引用
No.6583-3 - 2018/01/15 (月) 14:23:31 - Paya
TK-1様

ありがとうございます。
おっしゃる通りかと思うのですが、Tetの欠損がascorbateの欠乏でミミックされるのであれば、Tet欠損で見られるグローバルなhypermethylationも見れるのではないかと思った次第です。
それとも、この程度のメチル化の亢進は、ELISAやMassなどではなく一塩基レベルの解像度のシーケンス解析をやらなければはっきりしないということでしょうか？

(無題) 削除/引用
No.6583-2 - 2018/01/15 (月) 10:33:17 - TK-1
C, 5mC, 5hmCの絶対量の比がどうなんですか？5mC<<Cなんですから、5mCの値が少々変わろうがその比の変化は微々たるものでしょう。

メチル化シトシンの比率について 削除/引用
No.6583-1 - 2018/01/15 (月) 08:58:43 - Paya
エピジェネティクス素人の質問をお許しください。
Nature 549, 476-481 (2017)
ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28825709

上記論文中のFig.2に、5hmCと5mC及び5mCとCの比率を調べた結果が出ています。
Ascorbateの欠乏で5hmC:5mC比が低下することはわかるのですが、
その際に5mC:C比に変化が見られないことの理解ができません。
脱メチル化の低下によって5mCが増えるような気がするのですが、、、
お詳しい方、なぜそうなるのか理由を教えていただけませんでしょうか？
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