プライマー伸長法による転写開始点の決定を検討しております。
FAMで標識されたプライマーを使って逆転写したcDNAをABIのキャピラリーシーケンサーでサイズの決定をしたいと思うのですが、泳動に混ぜるサイズスタンダードをBigDyeで合成した産物で代替することは可能でしょうか。
例えば、
Well A: FAMプライマーとBigDyeで合成したDNA
Well B: FAMプライマーで逆転写されたcDNA + Well Aの一部
AとBでは同じプライマーを使用し、BigDyeの鋳型にはプロモーターに相当するDNAを利用します。
これで得られたシグナルをアライメントして差分をとって転写開始点の位置を決定するというものです。
Richard et al., BioTechniques 35:90-98 (July 2003)や他の文献を読むと、ほとんどの場合はROX等のサイズスタンダードを利用していますが、手持ちがなく、できれば新しい買い物をせずに済ませたいと思っています。
ご教示頂けると幸いです。 |
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