BioTechnicalフォーラム [タンパク質内の特定アミノ酸の割合を知りたい]

タンパク質内の特定アミノ酸の割合を知りたい

No.6794-TOPIC - 2018/03/27 (火) 14:22:37 - pon

こんにちは。バイオインフォ初心者です。タンパク質のアミノ酸配列の中の、特定のアミノ酸の割合を示してくれるサイトなどをご存じでしたら教えて頂きたいです。例えば、○○ファミリーに属するタンパク質全部に対し、グリシンが1%以下であるタンパク質のみを全て列挙してくれる、等ができれば最高です。
　

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No.6794-10 - 2018/03/29 (木) 03:42:30 - xyz

バイオインフォというかハッキングでよくやるクロスサイトスクリプトを使っているので自己責任でご利用ください。
とはいえ攻撃しているわけではないので安全です。ご心配なく

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No.6794-9 - 2018/03/29 (木) 02:58:52 - pon

xyzさん

ありがとうございます。完全に目的のツールでした！
ものすごく使いやすいです。

お言葉に甘えて使用させて頂きたく思います！！

どうもありがとうございました！

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No.6794-8 - 2018/03/29 (木) 01:46:34 - xyz

Pfamのデータを加工して特定のアミノ酸の割合を表示するツールを作成してみました。
ポップアップは許可してください。
http://www.nibiirosoft.com/A/hack.html

リストで表示されるドメインもしくはファミリーの中から、興味のあるものの名前をクリックして開いてください。
ポップアップウィンドウでタブ区切りの詳細データとして、○○ファミリーに属するタンパク質全部に対し、任意のアミノ酸の割合を全て列挙します。割合を昇順で並べています。

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No.6794-6 - 2018/03/28 (水) 13:23:37 - pon

ありがとうございます。現時点ではそのようなツールがないのですね。。。

多少面倒ですが、NCBIのProteinでtext検索し、PDBデータが存在するものだけをピックアップ、ChainAだけを抽出してsend toでFASTA fileにしたあと、SnapGeneで一気に調べることにします。

ありがとうございました。

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No.6794-5 - 2018/03/27 (火) 17:34:29 - WInter-8

プログラミングがわからなくても、データベースから一次配列を収集してくれば、
Excelの関数を使って特定のアミノ酸の数をカウントすることはできます。

それもできないならば、ExpasyにあるProtParam toolを使えば、アミノ酸の数をカウントしてくれます。
ただ、複数の配列を同時には無理ですね。

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No.6794-4 - 2018/03/27 (火) 17:30:42 - toto

意外とこれは難しいのです。以前やってあきらめたことがあります。私もしりたい。

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No.6794-3 - 2018/03/27 (火) 17:15:55 - qq

バイオインフォの人に聞けば良い。
バイオインフォの人に聞けない事情がある、もしくは自分でやりたければ、Biopythonかなぁ。

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No.6794-2 - 2018/03/27 (火) 16:54:32 - おお

それを自身のスキルでやるのがバイオインフォーマティクスやる人と思ったのだが、、、
配列集めるのもできるし、集めたら特定文字をカウントするだけだよね。。。なんかバイオインフォーマティクスやってない人でもできそうな気が、、、