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ウイルスとバクテリオファージのゲノム配列での区別 トピック削除
No.6837-TOPIC - 2018/04/11 (水) 17:48:21 - 寄生
自分の検索が適切でないからかもしれませんが、明確な結論が見つけられなかったため、こちらを利用させて頂きます。
(バクテリオファージにはRNAゲノム型が非常に少ないと言う事は分かりました。)

真核生物に感染するウイルスと細菌に感染するバクテリオファージは、各々のゲノム配列を並べた時に、何等かの特徴的な違いから区別できるものでしょうか?

データベースの有無という観点ではなく、真核生物だとイントロンが存在するのに対して、原核生物は見られない、といった感じで、特徴的な違いがあるのかないのかという質問になります。100%判別可能でなくても、大凡区別するための特徴でも構いませんので、ご教授下さると助かります。
 
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No.6837-5 - 2018/04/19 (木) 18:53:52 - 寄生
mon 様

追加のフォロー、ありがとうございます。

先のxyzさんの挙げた論文を読んだ時に、宿主に依存した増幅になるので、その影響が反映されているんだなと思いました。
(細菌の様に栄養等の周辺環境に応じて速やかに増殖するタイプへの寄生と、より複雑な制御に基づく増殖となる真核生物への寄生では、取るべき戦略も異なるのだなと。)

(無題) 削除/引用
No.6837-4 - 2018/04/19 (木) 12:37:55 - mon
真核生物と原核生物の翻訳開始メカニズムの違いに着目すると、以下のような違いがありますが、大腸菌の例しか知らないので普遍的か否か判断できません。あしからず。

https://ja.wikipedia.org/wiki/シャイン・ダルガノ配列
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26268350

(無題) 削除/引用
No.6837-3 - 2018/04/19 (木) 12:12:52 - 寄生
xyz 様

考えるきっかけの一つとなります論文を挙げて下さり、ありがとうございました。Bioinformaticsの解析技術自体は専門外ですが、目を通して概念的に理解しました。

また、他のご意見を待っていた事もあり、御礼が遅くなり、すいませんでした。

(無題) 削除/引用
No.6837-2 - 2018/04/11 (水) 20:55:40 - xyz
Significant differences in terms of codon usage bias between bacteriophage early and late genes: a comparative genomics analysis
https://bmcgenomics.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s12864-017-4248-7?site=bmcgenomics.biomedcentral.com

Conclusion:
The codon distribution in large fractions of bacteriophage genomes tend to be different in early and late genes. It seems that various additional genomic features (e.g. NTB and GC content) tend to be associated with this signal. This phenomenon seems to be related to
various aspects of the viral life cycle, and to various intracellular processes. A similar signal may be observed in human viruses but it seems significantly less frequent.

ウイルスとバクテリオファージのゲノム配列での区別 削除/引用
No.6837-1 - 2018/04/11 (水) 17:48:21 - 寄生
自分の検索が適切でないからかもしれませんが、明確な結論が見つけられなかったため、こちらを利用させて頂きます。
(バクテリオファージにはRNAゲノム型が非常に少ないと言う事は分かりました。)

真核生物に感染するウイルスと細菌に感染するバクテリオファージは、各々のゲノム配列を並べた時に、何等かの特徴的な違いから区別できるものでしょうか?

データベースの有無という観点ではなく、真核生物だとイントロンが存在するのに対して、原核生物は見られない、といった感じで、特徴的な違いがあるのかないのかという質問になります。100%判別可能でなくても、大凡区別するための特徴でも構いませんので、ご教授下さると助かります。

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