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ゲノムDNAの除去率の高いcDNA合成キットはどれ？ トピック削除
No.6847-TOPIC - 2018/04/16 (月) 09:29:51 - AB
よろしくお願いいたします。

これまで、mRNAの定量目的のリアルタイムPCRのために、cDNA合成キットとして次を8年ぐらい用いてきました。

　東洋紡 FSQ-301
　ReverTra AceR qPCR RT Master Mix with gDNA Remover　

でもぞれ以前に、キットでは無く、プロメガのDNase Iを使っていた頃に比べると、時々、ゲノムDNAの残存があることが問題です。東洋紡のテクニカルに聞いても、ゲノムDNAの残存が多い場合は、gDNA Remover　だけでは不十分ですという回答でした。

なお、動物組織からのmRNA抽出をしているため、タカラのRNAiso plus(Trizol同等品)を使っています（細胞からの抽出ならカラムでも良いのですが）。

仕事をしてもらっている経験豊富なスタッフ（小さなお子さんのいる女性）の、夕方の帰宅時間の関係で、ゲノムDNAを除去する酵素の入ったcDNA合成キットを使う必要があるのです。上記の他に、次のような競合商品もあるようですが、皆様の経験で、もっともゲノムDNAの除去率の高いcDNA合成キットはどれでしょうか？

　タカラバイオ　RR047A
　PrimeScript™ RT reagent Kit with gDNA Eraser (Perfect Real Time)　

　サーモフィッシャーAB1453B
　Verso cDNA Synthesis Kit　100 reactions　
　
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(無題) 削除/引用
No.6847-4 - 2018/04/17 (火) 11:57:59 - AB
AP様、おお様

さっそくの御助言をありがとうございました。

両先生のおっしゃるとおりに、RNA抽出方法を変更することにしました。

(無題) 削除/引用
No.6847-3 - 2018/04/17 (火) 04:18:57 - おお
>なお、動物組織からのmRNA抽出をしているため、タカラのRNAiso plus(Trizol同等品)を使っています（細胞からの抽出ならカラムでも良いのですが）。

組織様に工夫されたカラムを使ったRNA抽出キットも見かけますが、、、
例えば
illustra RNAspin Mini Isolation Kit can be used to isolate total RNA from cultured cells, tissue, bacteria, or yeast.

https://www.gelifesciences.com/en/us/shop/molecular-biology/extraction/rna/illustra-rnaspin-mini-kit-p-06266?current=25050070

(無題) 削除/引用
No.6847-2 - 2018/04/16 (月) 14:01:34 - AP
>夕方の帰宅時間の関係で、ゲノムDNAを除去する酵素の入ったcDNA合成キットを使う必要があるのです。

これがどういう事かよく理解出来ないのですが、精製したRNAをDNase I処理して仕上げるというのが無理なんですか？　ここで一段階、cDNA合成キットでもう一段階DNase処理したらかなりDNA混入を低下できそうです。

それと、回し者じゃないけど、クラシックなTrizol型の相分離で水層を回収するやつより、RNAzol、Isogen IIなど沈殿を除き上清を回収する進化型のほうがDNAが混入しにくいと思います。相分離型だと、水層を回収するときふわふわした中間層を引きずり込んでしまうことがあり、これがDNAの混入のもとになったりします。沈殿型ではDNA, タンパク質はパックした沈殿になるので、普通に上清を回収すればまず混入してきません。価格もほとんど変わらないので、相分離型を使い続けるメリットはないんじゃなかろか、と思っています。

ゲノムDNAの除去率の高いcDNA合成キットはどれ？ 削除/引用
No.6847-1 - 2018/04/16 (月) 09:29:51 - AB
よろしくお願いいたします。

これまで、mRNAの定量目的のリアルタイムPCRのために、cDNA合成キットとして次を8年ぐらい用いてきました。

　東洋紡 FSQ-301
　ReverTra AceR qPCR RT Master Mix with gDNA Remover　

でもぞれ以前に、キットでは無く、プロメガのDNase Iを使っていた頃に比べると、時々、ゲノムDNAの残存があることが問題です。東洋紡のテクニカルに聞いても、ゲノムDNAの残存が多い場合は、gDNA Remover　だけでは不十分ですという回答でした。

なお、動物組織からのmRNA抽出をしているため、タカラのRNAiso plus(Trizol同等品)を使っています（細胞からの抽出ならカラムでも良いのですが）。

仕事をしてもらっている経験豊富なスタッフ（小さなお子さんのいる女性）の、夕方の帰宅時間の関係で、ゲノムDNAを除去する酵素の入ったcDNA合成キットを使う必要があるのです。上記の他に、次のような競合商品もあるようですが、皆様の経験で、もっともゲノムDNAの除去率の高いcDNA合成キットはどれでしょうか？

　タカラバイオ　RR047A
　PrimeScript™ RT reagent Kit with gDNA Eraser (Perfect Real Time)　

　サーモフィッシャーAB1453B
　Verso cDNA Synthesis Kit　100 reactions　
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