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Ensembl genome browserの見方について トピック削除
No.6897-TOPIC - 2018/05/05 (土) 07:56:42 - コウモリ
初歩的な質問にて恐縮ですが、ensembl genome browserにおける目的遺伝子のtranscriptsのexon配列（左カラムからexonを選択して閲覧する）が何の配列を表しているのかが分かりません。
プロセシング前のmRNAの配列だと理解しやすいのですが（transcriptなので）、なぜexonの配列がcDNAの配列に一致するのでしょうか？
どなたかご教示頂けると助かります。どうぞ宜しくお願い致します。
　
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No.6897-7 - 2018/05/08 (火) 05:31:49 - コウモリ
皆さま、ありがとうございます。

ANOさま、おっしゃる通りです。transcriptsというカテゴリでの表示に困惑しました。
おおさま、ご親切なお返事ありがとうございました。
xyzさま、理解していたつもりだったのですが・・・そうでもないのかもしれません。泣

私の今回の疑問は、単にtranscriptという表示の元にゲノムDNAの構造が示されていたために起きたものと理解しました。お騒がせして申し訳ありませんでした。

皆さまのご親切に感謝いたします。

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No.6897-6 - 2018/05/07 (月) 18:36:15 - xyz
ENSE〜番号という名前がEnsembl exon IDだと理解されていないのでは？

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No.6897-5 - 2018/05/07 (月) 12:17:31 - おお
5' upstream sequenceという配列が最初に出てくると思いますが、この配列はゲノムのTranscriptionが起こる部分より上流の配列ですよね。

次にExon１が示されますが、StartとEndのポジションがかかれています。このポジションはゲノム上の何番目の塩基から何番目の塩基までを示してます。

さらにその次にIntron１が示されていますが、大抵長過ぎるののが理由で

gttagtggtggtggtagtgggttgg..........tgcattttggtcttctgttttgcag

という感じで間が表記されていません。この配列もゲンム上のどこからどこまでかが書かれています。
https://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Exons?db=core;g=ENSG00000139618;r=13:32315474-32400266;t=ENST00000380152

いってみれば、ゲノムの配列をもとにエクソンの構成を示していると言えるのではないかと思いますが、、、

(無題) 削除/引用
No.6897-4 - 2018/05/07 (月) 07:48:32 - ANO
ゲノムDNAをみるブラウザだからゲノムDNA

(無題) 削除/引用
No.6897-3 - 2018/05/06 (日) 18:53:04 - コウモリ
いつもこちらで多数の助言をして下さっているおおさまにお返事頂けて嬉しいです、ありがとうございます。

説明不足で申し訳なかったのですが、ensembl genome browserで各々の遺伝子の"transcript"に飛ぶと、左カラムにあるtranscript-based displaysのところで"Sequence"から"Exons"を選択することでその遺伝子のエクソンイントロン構造を見ることができます。
私の疑問は、ここで見られる配列はcRNAなのでしょうか・・？というものでした。

(無題) 削除/引用
No.6897-2 - 2018/05/06 (日) 07:48:02 - おお
たまたまイントロンがない遺伝子を見ているとか、、、

Ensembl genome browserの見方について 削除/引用
No.6897-1 - 2018/05/05 (土) 07:56:42 - コウモリ
初歩的な質問にて恐縮ですが、ensembl genome browserにおける目的遺伝子のtranscriptsのexon配列（左カラムからexonを選択して閲覧する）が何の配列を表しているのかが分かりません。
プロセシング前のmRNAの配列だと理解しやすいのですが（transcriptなので）、なぜexonの配列がcDNAの配列に一致するのでしょうか？
どなたかご教示頂けると助かります。どうぞ宜しくお願い致します。
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