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chip seqデータの全体像を示す解析について トピック削除
No.6986-TOPIC - 2018/06/08 (金) 21:14:21 - りか
いつも勉強させていただいています。
私はあるマウスの細胞を使用して、Aタンパクにくっついている新規で機能的な領域を同定することを目指して研究を行っています。
そこでAタンパクでIPを行って、inputとchipのDNAを用いてchip seqを行いました。

inputとchipの比較でくっついている領域が500ぐらい同定されました。
ここからいくつかの個々の機能解析を行っております。
質問は、この500ぐらいの領域の全体像を最初のfigureで示したいと思っています。
そこで、この全体像を表すためのネットのフリーソフトなど教えていただきたく思い質問させていただきました(GO解析など)。

ご存知の方がいらっしゃいましたら、ご教示いただけませんでしょうか?
もし解析論文のよいお手本や専門書やネットのサイトなどもございましたらお教えいただければ幸いでございます。
ちなみに有料で行ってくれるところとかありますが、できれば自力で理解しながら行いたいです。
よろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.6986-2 - 2018/06/08 (金) 21:22:58 - xyz
>質問は、この500ぐらいの領域の全体像を最初のfigureで示したいと思っています。

全体像というのは、その領域にある遺伝子の関連性ですか?
それとも領域の分布ですか?
想定している全体像のイメージを教えてください。

chip seqデータの全体像を示す解析について 削除/引用
No.6986-1 - 2018/06/08 (金) 21:14:21 - りか
いつも勉強させていただいています。
私はあるマウスの細胞を使用して、Aタンパクにくっついている新規で機能的な領域を同定することを目指して研究を行っています。
そこでAタンパクでIPを行って、inputとchipのDNAを用いてchip seqを行いました。

inputとchipの比較でくっついている領域が500ぐらい同定されました。
ここからいくつかの個々の機能解析を行っております。
質問は、この500ぐらいの領域の全体像を最初のfigureで示したいと思っています。
そこで、この全体像を表すためのネットのフリーソフトなど教えていただきたく思い質問させていただきました(GO解析など)。

ご存知の方がいらっしゃいましたら、ご教示いただけませんでしょうか?
もし解析論文のよいお手本や専門書やネットのサイトなどもございましたらお教えいただければ幸いでございます。
ちなみに有料で行ってくれるところとかありますが、できれば自力で理解しながら行いたいです。
よろしくお願いいたします。

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