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pcDNA3.1(+)に入れたヒト遺伝子を持つプラスミドが増えません トピック削除
No.7031-TOPIC - 2018/06/23 (土) 07:47:57 - ぷらすみどん
今、あるヒトの遺伝子をpcDNA3.1(+)にクローニングしてプラスミド自体は構築できましたが、ミニカルチャーでは増えるんですが、ミディカルチャーにすると増えなくなりました。増えるんですが、とても遅く40時間とか48時間かかりますし、プラスミドの収量もいつもの(問題のない別の遺伝子)半分ほど低いです。

過去のトピックを読むと頻出のトピックだとわかりましたし、またトラブルシュートもそれを参考にして行おうと思いますが、一つだけ質問させてください。

大腸菌でもこのタンパク質は発現しているのでしょうか??
pcDNA3.1(+)は哺乳動物用の発現ベクターではないのでしょうか??
 
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(無題) 削除/引用
No.7031-12 - 2018/06/23 (土) 15:11:31 - moz
ちなみに(後学のために)、「ATG」だけが翻訳開始コドンではないですよ。。

(無題) 削除/引用
No.7031-11 - 2018/06/23 (土) 15:05:01 - おお
CMVからというのもあるでしょうけど、だからといって大腸菌でスタートコドンが認識されるとは限らないので、偶然大腸菌が入れた遺伝子の途中を違うフレームで読んでいる可能性もあります。

(無題) 削除/引用
No.7031-10 - 2018/06/23 (土) 15:01:08 - おお
蛋白が発現しているかもしれないけど、そうでない可能性をどうして否定できるのかっていうことです。発現していてもアンチセンス側からの配列からの産物だったりするかもしれないし。蛋白じゃなくってRNAが悪さするのかもしれないし、挿入した配列がプラスミドのレプリケーションに悪さしているかもしれないし、どうして蛋白が発現していると断言できるのかということを飛躍しすぎといったのです。

(無題) 削除/引用
No.7031-9 - 2018/06/23 (土) 13:44:48 - ***
大学が教育してないのに研究しないといけないからしょうがないだろう。
まともな教授は半分もいないし。

(無題) 削除/引用
No.7031-8 - 2018/06/23 (土) 12:38:55 - まず勉強をして下さい
ぷらすみどん さま
まず勉強をして下さい。
基本的事項を身に付けて下さい。
それから、次の書き込みをして下さい。

(無題) 削除/引用
No.7031-7 - 2018/06/23 (土) 11:47:59 - ぷらすみどん
おおさん、

すみません、飛躍し過ぎとのことでしたので、発現しているというのが誤りだと思っていました。
ただそのプラスミドの中でも薬剤抵抗性遺伝子は発現するわけですし、じゃあpCMVで制御されるクローニングされた遺伝子は大腸菌では発現しないという理解でしょうか?

APさん、

ありがとうございます。論文見ました。ありがとうございます。
CMVプロモータ制御下の遺伝子が大腸菌で発現していますね。。すごい。。

つまり大腸菌でプラスミドの収量が悪かったり、増えが悪いのはそのタンパク質が大腸菌にとってトキシックで、それが多少なり発現しているから、というのが原因でしょうか?私も最初からそう思ってトピを立てましたが、飛躍した考察というのは後学のためにどういったことでしたでしょうか?すみません。

(無題) 削除/引用
No.7031-6 - 2018/06/23 (土) 11:11:39 - AP
そういう状況で、半分でも収量があれば御の字。
全く増えないこともあるからね。そういう時は温度を下げて培養してみる。pUC系のoriだとコピー数が下がるし、そうでなくても発現が減速されて増える場合がある。

(無題) 削除/引用
No.7031-5 - 2018/06/23 (土) 11:03:00 - AP
異種のプロモーターでもleaky expressionはある程度起こると思っていいです。
ズバリな文献がありました
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1181807/

(無題) 削除/引用
No.7031-4 - 2018/06/23 (土) 09:24:53 - おお
>やはりタンパク質は発現は大腸菌ではできないんですね。

できないと言っているわけではないんですよ。。。もうちょっとよく考えてください。

(無題) 削除/引用
No.7031-3 - 2018/06/23 (土) 08:51:42 - ぷらすみどん
おおさん、

やはりタンパク質は発現は大腸菌ではできないんですね。

だとしたら配列というのは塩基配列ということですよね。
それがタンパク質に翻訳されないのであれば、その配列そのものが悪さをしているということですよね?
ならどう悪さをしているのか想像ができません。

その配列特異的なものでしょうか?それともその長さ特異的なものでしょうか?その配列特異的なものだとして、それが大腸菌にどう悪さをするのでしょうか...大腸菌、というよりおそらくプラスミドの機能(アンピシリン抵抗性遺伝子等)に影響を与えると考えたらいいのでしょうか??



>[Re:2] おおさんは書きました :
> >大腸菌でもこのタンパク質は発現しているのでしょうか??
>
> 挿入した配列が悪さしているとは言えるでしょうけど、蛋白が発現しているというのは飛躍し過ぎではないでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.7031-2 - 2018/06/23 (土) 08:02:09 - おお
>大腸菌でもこのタンパク質は発現しているのでしょうか??

挿入した配列が悪さしているとは言えるでしょうけど、蛋白が発現しているというのは飛躍し過ぎではないでしょうか?

pcDNA3.1(+)に入れたヒト遺伝子を持つプラスミドが増えません 削除/引用
No.7031-1 - 2018/06/23 (土) 07:47:57 - ぷらすみどん
今、あるヒトの遺伝子をpcDNA3.1(+)にクローニングしてプラスミド自体は構築できましたが、ミニカルチャーでは増えるんですが、ミディカルチャーにすると増えなくなりました。増えるんですが、とても遅く40時間とか48時間かかりますし、プラスミドの収量もいつもの(問題のない別の遺伝子)半分ほど低いです。

過去のトピックを読むと頻出のトピックだとわかりましたし、またトラブルシュートもそれを参考にして行おうと思いますが、一つだけ質問させてください。

大腸菌でもこのタンパク質は発現しているのでしょうか??
pcDNA3.1(+)は哺乳動物用の発現ベクターではないのでしょうか??

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