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(無題) 削除/引用 No.7057-6 - 2018/07/11 (水) 10:47:22 - xxf レス有り難うございます。 そもそも、ゲノム配列の登録はBGIが行っており、私が知りたい配列（染色体番号で示されている）も、著者は中国の研究者およびBGIが中心になっています。 従って、BGIのグループはscaffoldと染色体位置の対応について、完全に把握しているが、オープンにしていないのだと思います。 これでは、論文の情報から配列を辿ることは、彼らのグループ以外は不可能なわけで、論文の情報自体が外部の人間にとって無意味と言わざるを得ません。 彼らの情報開示を待つしかないというのは理解しましたが、何か釈然としませんね。

(無題) 削除/引用 No.7057-5 - 2018/07/09 (月) 19:13:35 - xyz なるほど。これは困りましたね。 確かにトキゲノムはJun 2014 (ASM70822v1/nipNip1) Assembly で登録されてはいますが、原著で染色体を番号まである程度は決定しているにもかかわらず、実際に登録されているデータはscaffoldレベルでしかない、と。 こういう状況ではそもそもリファレンスゲノムとして染色体位置が特定できないので、xxfさんがお持ちの「染色体番号と塩基配列位置で示されており」という情報そのものが胡散臭いですね。その情報の出所を探ってみるのがいいかもしれません。何のゲノムで、どのバージョンで、どうやって位置を決定したのか。ここら辺の情報があれば何か分かると思います。

(無題) 削除/引用 No.7057-4 - 2018/07/09 (月) 14:56:55 - xxf 種名は、トキ（Crested ibis)です。 ブラウザについては、下記を参照して下さい。 http://avianbase.narf.ac.uk/Nipponia_nippon/Info/Index

(無題) 削除/引用 No.7057-2 - 2018/07/06 (金) 21:55:00 - xyz 種名を教えてください。

scaffold番号と染色体番号の対応 削除/引用 No.7057-1 - 2018/07/06 (金) 15:14:18 - xxf ある鳥種では、ゲノム塩基配列情報が提供されていますが、scaffoldの番号と塩基配列位置を入力すると、その範囲内の配列が示されるようになっています。これに対して、私が知りたい配列は、染色体番号と塩基配列位置で示されており、scaffold番号と染色体番号の対応が不明で、どうにもなりません。このような場合、何か突破口はあるのでしょうか？素人の質問で、申し訳ありません。

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