>しかし、得られたその解析結果は文献に記載されている内容と異なっていました。
測定条件なども同じですか？タンパク質はきれいに精製できていますか？
>別にin silicoにてタンパク質の構造解析を行ったところ、そのコンフォメーションは円偏光二色性スペクトル>から得られた解析結果と異なりました
in silicoで得られたものは計算上のモデルであって、実際とは異なると考えた方が良いです。αヘリックスの予測は比較的正確だそうですが、βシートは専門家でも予測が困難だと聞きます。ただ、かなり近縁のタンパク質の構造が既に決定されているのであれば、シミュレーションの精度も高いと思います。
文献とも異なっているとのことなので、CD測定のサンプルや測定条件などを疑った方が良いかもしれません。
>円偏光二色性スペクトルで得られる情報として、波形が異なる場合、構造も変わるということであって、
>その解析結果はソフトによって異なると考えたほうがよいのでしょうか？
この文章の意味がわかりませんが、波形が異なる＝構造が変わるですが、
解析結果はソフトによって大きく異なることはないでしょう。
ソフトによって変わるんだったら大問題じゃないでしょうか。 |
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