Bio Technical フォーラム

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ウイルスからcDNA トピック削除
No.7263-TOPIC - 2018/09/26 (水) 08:08:57 - cotton
日々拝見しお世話になっております。

一本鎖(-)RNAウイルスからRNAを抽出し、のちにPCRによってプラスミドに組み込むインサートを作れるようなcDNAを合成したいと考えております。
いくつか不明点があり、検索をしても解決に辿りつけなかった為ご教授ください。

@ ウイルスから抽出したRNAから"クローニングに用いるような"cDNAを合成したい場合、逆転写反応の際に用いるプライマーとして適切なものは何でしょうか。
ランダムヘキサマーはqPCR用で不適ではないかと考えております。
また、Oligo dTが利用できるのかが分かりません。

A @で特異的プライマーが必要となった場合、逆転写反応で用いるのはセンス/アンチセンスプライマーのどちらでしょうか。
「一本鎖(-)RNAウイルス」という条件に内心で引っかかっています。

非常に基本的なことかもしれませんが、どうぞよろしくお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.7263-10 - 2018/09/26 (水) 16:09:55 - こっとん
まあ僕も含め、年取ってくるとついタメ語になったり、「この書き方だと相手にどう伝わるのかな?」ということを忘れがちになったりしますよね(匿名の場だと尚更)。

無様なへこへこワンちゃんマウンティングおじさんとして嫌われてるやべーやつをTwitterやLINEで見るかと思います。
ああはなりたくないもんですがまあおっさんは押し並べてああなっちゃうんでしょう。

別に誰だと名指ししたいわけでは全くなく、円滑なコミュニケーションのためにも
・簡潔に書きすぎず、バックグラウンドがあるなら明記する(すれ違いを防ぐため)
・へこへこワンちゃんしぐさはやめる(こんなことも知らないの?みたいな態度)
・おっさんはどこへ行っても疎まれるので謙虚に生きていきましょう
ということを心に留めておきたいですね。
やっていきましょう。

(無題) 削除/引用
No.7263-9 - 2018/09/26 (水) 14:31:32 - おお
無責任な回答として書き込んだのですがどうもやはり気になりましたので追加投稿いたします。

ウイルスのゲノムの末端は種類によっていろいろなことがおきている可能性があると思います。ウイルス学を学んだわけでもないのでどれだけの幅を持ってありえるのかはかけませんが、両端に反復配列があったり、両端が同じ配列になっていたりするかもしれません。このような配列はPCRの敵ですし、cDNAを作るときもうまくいかない原因になるかもしれません。

また細胞内でウイルスのゲノムが作られても、パッケージングされる時削られたりするかもしれません。そうするとデーターベースで配列を見つけてもそれをちゃんと識別できる知識がないと見当違いの配列からプライマーを設計してたということにもなりかねません。

実験してから参照したデーターベースが違ったとか、こっちの端のプライマーでPCRがかかったからゲノムはそれに相補な配列だとかいったり、後から結局ちぐはぐなことをしていると指摘されたりすると、そんなことで(些細なことかもしれませんけど)、こいつは出来ないやつだとか、実験やるきがないとかレッテルを貼られてしまったりして、損をしてしまうというのまあまああります。

なのでしっかりとした調査をして、誰もが納得する実験の筋道を示せるようにして実験にとりかかってほしいと思います。

(無題) 削除/引用
No.7263-8 - 2018/09/26 (水) 13:06:25 - cotton
PN様

「質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。」
新参者かと存じますが、上記ルールを遵守して頂けると幸いです。


moz様
誠にありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.7263-7 - 2018/09/26 (水) 12:22:13 - moz
インフルエンザウイルスも一本鎖(-)RNAウイルスで、細胞への遺伝子導入で人工的にウィルスを作製する技術まであるから、論文を探して参考にしてみれば。
成書もありそう。

>Oligo dTが利用できるのかが分かりません。
polyA RNAか否か不明ということだろうけど、「勝手な想像ですが」今時データベースに塩基配列の登録がないウィルスは少ないと思うので、データベース項目から論文を探すとか、丹念に論文探してみれば。
というか、論文探した上での質問かな?(=マウンティング?)

(無題) 削除/引用
No.7263-6 - 2018/09/26 (水) 11:55:32 - PN
cottonさん、

> このフォーラムを拝見する中で、マウンティングだけが目的の回答者が時折見られる為その類かと疑ってしまったことをお詫び申し上げます。


あなたの質問は「このフォーラムを拝見する中で、質問を放り投げる質問者が時折見られる為」非常に情けないです。

(無題) 削除/引用
No.7263-5 - 2018/09/26 (水) 10:59:31 - cotton
たいへん誠実なご回答に心より感謝致します。

このフォーラムを拝見する中で、マウンティングだけが目的の回答者が時折見られる為その類かと疑ってしまったことをお詫び申し上げます。

(無題) 削除/引用
No.7263-4 - 2018/09/26 (水) 10:37:56 - おお
無責任な回答ということで、本当によくわからなくってというならば、両端にプライマーを設定しておいて、2つチューブを用意して2つのプライマーでどちらがかかるかやってみてかかった方からDNAをとればいいという知恵も働くわけで、いずれにしろPCRするために両端にプライマーを設定するだろうから両端のプライマーは作るでしょうし。片方はネガコンといえなくもない。しかしながらどちらでちゃんとかかるのか知っておかないと、ノンスペが出たりかかるはずの方でかからなかったりした場合、その次の方針でつまずいてしまうと思う。

ただそんなどっちでかかるかわからないからとか、そんな事をボスがいるとしてボスに言うと呆れられるかもっと勉強しろと言われると思います。

(無題) 削除/引用
No.7263-3 - 2018/09/26 (水) 09:58:28 - おお
ゲノムが一本鎖(-)RNAウイルスならそれに相補なプライマーを使えばいいのは想像に難くないが、ウイルスが何かわからない訳で単純にそう言い切るのは無責任だと思うから具体的な答えを書かなかったわけです。またウイルスが何かしっていてそれを研究している方のほうが、この質問でどのウイルスがわからないまま答えているより、より的確な方針が建てられるのではないでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.7263-2 - 2018/09/26 (水) 08:14:56 - あの
あの〜。前のトピックを削除された方がいいのではないですか?
それかきちんと誠実にお返事すべきではないですか?

ウイルスからcDNA 削除/引用
No.7263-1 - 2018/09/26 (水) 08:08:57 - cotton
日々拝見しお世話になっております。

一本鎖(-)RNAウイルスからRNAを抽出し、のちにPCRによってプラスミドに組み込むインサートを作れるようなcDNAを合成したいと考えております。
いくつか不明点があり、検索をしても解決に辿りつけなかった為ご教授ください。

@ ウイルスから抽出したRNAから"クローニングに用いるような"cDNAを合成したい場合、逆転写反応の際に用いるプライマーとして適切なものは何でしょうか。
ランダムヘキサマーはqPCR用で不適ではないかと考えております。
また、Oligo dTが利用できるのかが分かりません。

A @で特異的プライマーが必要となった場合、逆転写反応で用いるのはセンス/アンチセンスプライマーのどちらでしょうか。
「一本鎖(-)RNAウイルス」という条件に内心で引っかかっています。

非常に基本的なことかもしれませんが、どうぞよろしくお願い致します。

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