Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る　|　トピック一覧　|　研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム（readのみ）

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

とあるキットの仕組みがわかりません。 トピック削除
No.7408-TOPIC - 2018/11/15 (木) 17:38:57 - のるじぇん
いつもお世話になっております。

微量RNAの検出・定量で調べていたところ、以下の商品を見つけました。
ttps://norgenbiotek.com/product/low-abundance-rna-quantification-kit
説明によると（誤っていたら申し訳ありません）、「スタンダードRNAとともにサンプルRNAを逆転写してcDNAを合成し、qPCRを行うことで"ヒト由来であれば"定量が可能」とのことです。

ヒト由来であればRNAならなんでも可能といったことが可能なのでしょうか。
逆転写反応にしろPCRにしろ、スタンダードと同様の効率が得られるのか？
PCRのプライマーはどのようになっているのか？
といったことが理解できずにいます。

問い合わせてみたのですが、詳細はすべて企業秘密とのことでした。

単なる私の勉強不足でしたら恐縮ですが、どのようにしてこのキットが成り立っているのかご教授願えませんか。
　
- このトピックにメッセージを投稿する -



全4件 ( 1 〜 4 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用
No.7408-4 - 2018/11/20 (火) 01:09:11 - おお
確かに非公開な部分があるキットなどの商品はもどかしいものがあります。こういう微量のRNAなどを扱っている研究のヒストリーを探ると見えてくるもんかもしれませんしそういう人のコメントがつくのがベストのように思います。

＞逆転写反応にしろPCRにしろ、スタンダードと同様の効率が得られるのか？
おそらくRT-PCRレベルでの解析に使われるであろうから、効率の悪いものはもとのサンプルの量が多くても、あまりその量は意味がなく、RT-PCRに有効なサンプル量という割り切り方をしているのでしょう。正確に存在するRNA量を反映しているわけではなく、それにどれくらい意味があるのかという事ではないでしょうか（もちろん目的によりますけど）。

＞PCRのプライマーはどのようになっているのか？
＞といったことが理解できずにいます。

理解もなにも秘密になっているので、、、
おそらく特殊なRNAのポピュレーションのサンプルは想定されていないようにおもわれます。使用されている論文などがあれば聞いてみたり調べてみたりするとその範囲では使えそうだというのがわかってくると思いますが、そういう論文を紹介してもらえないか聞いてみたりするといいでしょう。

(無題) 削除/引用
No.7408-3 - 2018/11/18 (日) 22:12:54 - Mac
微量RNAの定量に関しては全くの素人ですが、思うところを何点か挙げてみます。

（１）リキッドバイオプシーのサンプル定量を前提に開発された商品のようなので、その手のサンプルに共通して含まれるRNA、例えばtransfer RNAやpiRNAなど、を標的としたqRT-PCRを使えば、理論的には定量可能な気がします。

（２）プロトコールを見る限り、miRNAがきちんと回収されたサンプルが必要との事で、このレンジのサイズまでカバーしたRNA抽出法を用いる事が大切なようですが、きちんと抽出しても、各サンプルの複雑性をスタンダードと同等に調節するのは不可能と思われます。よって、その違いに伴う誤差（逆転写やPCRにおける）があり得る事は認識する必要がありそうですが、商品化されている以上、その誤差が許容範囲であると見なすに十分なデータを持っているのではないかと推測します。

（３）プライマーは一番重要と思いますので、企業秘密になるのもやむを得ないですね。例えば、様々なサンプルでのコピー数が比較的高く、かつトータルRNAに対する割合が比較的コンスタントなsncRNAを、signatureのような形でたくさん選び出して、それらに対するプライマーペアーを全部混ぜたプライマーミックスでPCRをかければ、個々のRNAごとの逆転写効率、増幅効率などのぶれが相殺されるのかな、なんて想像します。

興味深いキットですが、私自身は素人ですので、たわごとです（無責任モードでごめんなさい）。専門の方や使用経験のある方からレスが付くと良いと思うのですが。APさん、どうでしょう？

(無題) 削除/引用
No.7408-2 - 2018/11/18 (日) 18:02:19 - AP
大学がどうのとかイキってるやつらこういうの無視してて草

とあるキットの仕組みがわかりません。 削除/引用
No.7408-1 - 2018/11/15 (木) 17:38:57 - のるじぇん
いつもお世話になっております。

微量RNAの検出・定量で調べていたところ、以下の商品を見つけました。
ttps://norgenbiotek.com/product/low-abundance-rna-quantification-kit
説明によると（誤っていたら申し訳ありません）、「スタンダードRNAとともにサンプルRNAを逆転写してcDNAを合成し、qPCRを行うことで"ヒト由来であれば"定量が可能」とのことです。

ヒト由来であればRNAならなんでも可能といったことが可能なのでしょうか。
逆転写反応にしろPCRにしろ、スタンダードと同様の効率が得られるのか？
PCRのプライマーはどのようになっているのか？
といったことが理解できずにいます。

問い合わせてみたのですが、詳細はすべて企業秘密とのことでした。

単なる私の勉強不足でしたら恐縮ですが、どのようにしてこのキットが成り立っているのかご教授願えませんか。
全4件 ( 1 〜 4 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール  　アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます）
上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません）
解決（問題が解決した際にチェックしてください）
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 
〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。