Bio Technical フォーラム

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RNAseq用のRNAサンプル調整について トピック削除
No.7467-TOPIC - 2018/12/07 (金) 20:26:01 - RNAseq
mRNAおよびmiRNAのRNAseqを行いたいと考えています。

細胞からRNAを抽出する際に最適なキットは何か教えていただけますか?(実験系により得られるRNAが2-3ug程度)
またDNase処理も行った方が良いと聞きました。キアゲンのRNAeasyキットにはDNase処理のステップが含まれていたかと思いますが、このキットではmiRNAが除かれてしまうのでトリゾルなどのフェノクロ抽出を行うのが良いのでしょうか?トリゾルではRNA抽出後にDNase処理をして再度、RNAのみを抽出し直さなければならず収量がさらに減ることを予想しております。(どれだけロスするかはやったことがないのでわかりません。気にならない程度ならいいのですが)

ご経験のある方、アドバイスいただけると助かります。
 
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(無題) 削除/引用
No.7467-3 - 2018/12/08 (土) 03:28:16 - おお
RNAzolというTRIZOLと同じような試薬があります。
そのプロダクトマニュアルにはmiRNAなどの小さいRNAとのこりのRNAがわけれるプロトコールがしめされています。

DNase処理は依頼先に相談してみてください。ひつようなら処理後クロロフォルムエタチン。またはグアニジンを4Mぐらい入れてエタチンでもきれいになると思います。

(無題) 削除/引用
No.7467-2 - 2018/12/08 (土) 02:41:34 - Molarity
私はDNA切断酵素処理せず、トリゾールでRNA抽出し、エタチンサンプルをそのまま持って行きました。
そのようにしてください、と言われたので。結果は綺麗でした。

RNAseq用のRNAサンプル調整について 削除/引用
No.7467-1 - 2018/12/07 (金) 20:26:01 - RNAseq
mRNAおよびmiRNAのRNAseqを行いたいと考えています。

細胞からRNAを抽出する際に最適なキットは何か教えていただけますか?(実験系により得られるRNAが2-3ug程度)
またDNase処理も行った方が良いと聞きました。キアゲンのRNAeasyキットにはDNase処理のステップが含まれていたかと思いますが、このキットではmiRNAが除かれてしまうのでトリゾルなどのフェノクロ抽出を行うのが良いのでしょうか?トリゾルではRNA抽出後にDNase処理をして再度、RNAのみを抽出し直さなければならず収量がさらに減ることを予想しております。(どれだけロスするかはやったことがないのでわかりません。気にならない程度ならいいのですが)

ご経験のある方、アドバイスいただけると助かります。

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