Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

大腸菌のプレート上の濃度について。 トピック削除
No.7485-TOPIC - 2018/12/15 (土) 02:27:23 - コンピテント大腸菌
いつも拝見させてもらっています。

この度RNAi libraryを購入しました。
これを1x10^10 cfu / ugオーダーの大腸菌にエレクトロポレーションで形質転換後、10mmの大腸菌ペトリディッシュにプレートする予定です。

指示書に従い、1ディッシュあたり、50000コロニーになるように大腸菌を捲くようにとあります。(addgene社)

もちろんそれは隣り合う大腸菌が接触しないように、ライブラリにバイアスがかからないように、という意図だと思うのですが、ディッシュに撒くコロニー数を”50000コロニーになるように”する際はどのようにすればいいでしょうか?

導入DNA量は指示書に従い、1コンピテントセルあたり、50ng使用します。
Competencyが1x10^10 cfu / ugならば、0.05x10^10 cfu / 50 ngということになるかと思います。
つまり5x10^8のコロニーが出現する計算となり、50000コロニー/ディッシュで撒くとなると、10000ペトリディッシュに撒くということになってしまうのですが、このような計算ではないのでしょうか?

100枚ほどに撒くことを予想していたので、困惑しています。
ご意見いただけますと幸いです。よろしくお願いいたします。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



3件 ( 1 〜 3 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.7485-3 - 2018/12/15 (土) 23:37:21 - コンピテント大腸菌
おお先生

7万とあります。

だいたいそのindependent clonesの100倍あればいいと思うので、

7 x 10^6のコロニーが出てくれればいいような気もするのですが、addgeneからの指示書には、1万のRNAiクローンに対して1つエレポしなさいとかかれてありますので、合計で7回エレポして、そのすべての大腸菌をcombineして、まくようですが、必要なコロニー数 (7x10^6)を圧倒的に超える計算になるのですよね...

私の計算が間違いなのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.7485-2 - 2018/12/15 (土) 03:43:22 - おお
インディペンデントクローン数(ライブラリーのサイズ)はどれくらいですか?

大腸菌のプレート上の濃度について。 削除/引用
No.7485-1 - 2018/12/15 (土) 02:27:23 - コンピテント大腸菌
いつも拝見させてもらっています。

この度RNAi libraryを購入しました。
これを1x10^10 cfu / ugオーダーの大腸菌にエレクトロポレーションで形質転換後、10mmの大腸菌ペトリディッシュにプレートする予定です。

指示書に従い、1ディッシュあたり、50000コロニーになるように大腸菌を捲くようにとあります。(addgene社)

もちろんそれは隣り合う大腸菌が接触しないように、ライブラリにバイアスがかからないように、という意図だと思うのですが、ディッシュに撒くコロニー数を”50000コロニーになるように”する際はどのようにすればいいでしょうか?

導入DNA量は指示書に従い、1コンピテントセルあたり、50ng使用します。
Competencyが1x10^10 cfu / ugならば、0.05x10^10 cfu / 50 ngということになるかと思います。
つまり5x10^8のコロニーが出現する計算となり、50000コロニー/ディッシュで撒くとなると、10000ペトリディッシュに撒くということになってしまうのですが、このような計算ではないのでしょうか?

100枚ほどに撒くことを予想していたので、困惑しています。
ご意見いただけますと幸いです。よろしくお願いいたします。

3件 ( 1 〜 3 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。