Bio Technical フォーラム

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コラーゲンゲル包埋細胞のRNA抽出 トピック削除
No.7499-TOPIC - 2018/12/19 (水) 23:36:04 - TM
平素よりお世話になっております
いつも本サイトにて勉強させて頂いております

近日中に,TypeIコラーゲンゲル内に包埋して培養した動物細胞を用いて
mRNAの発現をRT-qPCRで解析する予定なのですが,RNA抽出のプロトコルについて相談させてください.

所属する研究室内でRNA抽出実験を行うこと自体初めてで,ど素人の質問となってしまうと思いますが,何卒ご容赦ください...

質問として,
「コラーゲンゲルに包埋した細胞からRNA抽出をする方法として,コラゲナーゼを用いてコラーゲンを分解する処理は妥当なのでしょうか」


質問の意図としては,遺伝子発現解析をする前にコラゲナーゼ処理をすることが果たして遺伝子発現に影響を与えないのかどうか気になっている,という点です..

コラゲナーゼ処理をせずに抽出する方法として,
@Lysis Buffer + 2-MEを用いて直接溶解させる?(コラーゲンも溶解するのかどうか分からず..)

Aトリプシンを用いてコラーゲン内の細胞を抽出する?

の二点も考えているのですが,もし良い方法をご存知の方がいらっしゃいましたらご教授頂ければ幸いです


何卒よろしくお願いいたします
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.7499-4 - 2018/12/27 (木) 20:02:24 - TM
>>おおさん,TSさん

お世話になっております
返信が大変遅くなり申し訳ありません

上記,Lysis bufferにて細胞の溶解が可能であるとのこと,ご教授頂きありがとうございました
本手法で試してみます

ありがとうございました

(無題) 削除/引用
No.7499-3 - 2018/12/20 (木) 08:39:23 - TS
わたしもおおさんに同意。
十分量の抽出試薬を使えば大丈夫。

(無題) 削除/引用
No.7499-2 - 2018/12/20 (木) 01:59:30 - おお
たとえば組織からのRNA抽出でも、直接組織とTrizolやRNA抽出キットのLysis bufferなどを加えてHomogenizeしますので、前処理はしなくてもいいんじゃないかな。Homogenizeがしっかりしていればコラーゲンが溶解しなくても細胞が破砕されてRNAが溶液中に出てくるはず。

コラーゲンゲル包埋細胞のRNA抽出 削除/引用
No.7499-1 - 2018/12/19 (水) 23:36:04 - TM
平素よりお世話になっております
いつも本サイトにて勉強させて頂いております

近日中に,TypeIコラーゲンゲル内に包埋して培養した動物細胞を用いて
mRNAの発現をRT-qPCRで解析する予定なのですが,RNA抽出のプロトコルについて相談させてください.

所属する研究室内でRNA抽出実験を行うこと自体初めてで,ど素人の質問となってしまうと思いますが,何卒ご容赦ください...

質問として,
「コラーゲンゲルに包埋した細胞からRNA抽出をする方法として,コラゲナーゼを用いてコラーゲンを分解する処理は妥当なのでしょうか」


質問の意図としては,遺伝子発現解析をする前にコラゲナーゼ処理をすることが果たして遺伝子発現に影響を与えないのかどうか気になっている,という点です..

コラゲナーゼ処理をせずに抽出する方法として,
@Lysis Buffer + 2-MEを用いて直接溶解させる?(コラーゲンも溶解するのかどうか分からず..)

Aトリプシンを用いてコラーゲン内の細胞を抽出する?

の二点も考えているのですが,もし良い方法をご存知の方がいらっしゃいましたらご教授頂ければ幸いです


何卒よろしくお願いいたします

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