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キャピラリー電気泳動があまり行われない理由 トピック削除
No.7658-TOPIC - 2019/02/06 (水) 15:37:49 - eggplant
大学の研究室に所属している学部生です。
現在DNAやタンパクなどを検出する手法について幅広く調査中です。

調査の中で「キャピラリー電気泳動」というものを見つけたので、調べてみると、「放熱しやすいので高電圧で泳動でき、短時間で検出可能」「官能基一つの違いでも分離可能」など、いくつか利点があることが分かりました。

しかし裏付けとして論文を探してみてもSDS−PAGEやアガロースゲル電気泳動に匹敵するほどは出てきません。某知恵袋ではコストの面があるという回答がありましたが、本当にそれだけでしょうか?

なぜ依然あまり利用されていないのでしょうか?
 
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投稿者より 削除/引用
No.7658-7 - 2019/02/07 (木) 11:24:05 - eggplant
皆様ありがとうございます。

定量できず、処理も難しい、また高コストなのであまり使われない。しかし速いのでサンガー法には用いられる、ということですね。
用途は狭いのに装置はちゃんとあるのですね。シーケンシング用だけで利益が出ているということなのでしょうか…。

(無題) 削除/引用
No.7658-6 - 2019/02/06 (水) 18:13:28 - AP
キャピラリー電気泳動はアガロースゲル電気泳動の代わりにはならないですから。 キャピラリー電気泳動はPAGEの進化型で、アガロースゲルよりはるかに分解分子量域が低いです。

(無題) 削除/引用
No.7658-5 - 2019/02/06 (水) 17:25:05 - AP
コストでしょう。
コスパと言ってもいい。

装置が高い、維持費がたかい。それだけかかってもSDS-PAGEよりメリットがあるかといったら、そうとも限らない。SDS-PAGEのパフォーマンスで目的が達せられる程度の実験でわざわざキャピラリーを選ぶ理由がない。
第二にブロッティングに不向き。SDS-PAGEで総染色だけってのはあんまり需要がないですから。ルーチンにブロットができる手法にしか用はない。

逆に、サンガーシークエンスはすっかりキャピラリー電気泳動に置き換わったけれどね。ほんの少し前まではスラブゲルを自作してやってたけどね。
装置や消耗品の高さも、常に可動しているような状態なら、かなりのコストダウン。受託業者や大学のファシリティーは、サンプルを取りまとめて効率よく運用してるから成り立っているんだな。一個の研究室でキャピラリーシークエンサーを持っても全く割に合わないよ。ましてや、タンパク質泳動用のキャピラリー泳動装置なんて、

(無題) 削除/引用
No.7658-4 - 2019/02/06 (水) 16:56:13 - おお
https://www.agilent.com/en/product/bioanalyzer-automated-electrophoresis/bioanalyzer-instrument/2100-bioanalyzer-instrument-228250#productdetails

これは比較的使われているのではないかとおもいます。とくにTotal RNAのクオリティーチェックなどで。

すでに指摘があるようにDNA配列を決定する装置はキャぴラリーです。

まあ書かれている通りコストの問題でしょう。

キャピラリー一本で電気泳動するとマーカーが見れません。マーカーとの比較となると2本流さないといけないのですが、これはゲルを使う時に2枚のゲルにそれぞれ1サンプルずつ流し比べているようなもの。これを比較するためにはかなりの精度で同一のキャピラリー作らないといけない。またゲルは押し込んで充填するのでそのためのポリマー技術などもいるでしょう。また検出はキャピラリーから出てきたときに吸収や蛍光で検出するので検出方法に限りがある。ゲルのようにタンパクだとCBBで染色して感度がいたらなかったからその上から銀染色したととかフレキシブルな対応が出来ない。

もちろん高分解能によりいろいろ分けれるといえるかもしれませんが、液クロでもできそうな事が多く、液クロだとカラムの選択、流す溶媒(バッファー)の選択でかなり幅広い応用が可能だけど、キャピラリーだとそこまで選択肢は広くない。

という事が私がなんとなく思った事です。

(無題) 削除/引用
No.7658-3 - 2019/02/06 (水) 16:14:12 - 橘
お値段もそうですが、もう一つの理由は、「キャピラリー電気泳動したけどそう書いてない」ことが多いからです。
例えば、サンガー法によるDNA塩基配列決定はほぼ全てキャピラリー電気泳動を行っていますが、「ABI 3130xlで配列決定した」とか書かれているだけで、それがキャピラリー電気泳動だとは書いていません。
キャピラリー電気泳動装置をリストアップして、機種名で検索してヒット件数を合計してみれば、本当に使われている件数がわかるでしょう。
外注に出した場合は業者名だけで機種名が書いてないこともあるでしょうから、その場合はこの検索方法でも漏れてしまいますが。

(無題) 削除/引用
No.7658-2 - 2019/02/06 (水) 15:57:02 - qqq
装置の価格、桁が違いますからね。↓参考
https://www.wakenyaku.co.jp/ctg/cat.php?i=1
SDS-PAGEやアガロースゲル電気泳動はする必要があるけど、キャピラリー電気泳動をする必要はないというところも多いでしょうし。
研究での必要性とかかる経費を天秤にかけて、そこまで必要ではないと判断するところが多いんじゃないですか。
皆が皆、潤沢な資金があって設備が充実している訳じゃないですから。

キャピラリー電気泳動があまり行われない理由 削除/引用
No.7658-1 - 2019/02/06 (水) 15:37:49 - eggplant
大学の研究室に所属している学部生です。
現在DNAやタンパクなどを検出する手法について幅広く調査中です。

調査の中で「キャピラリー電気泳動」というものを見つけたので、調べてみると、「放熱しやすいので高電圧で泳動でき、短時間で検出可能」「官能基一つの違いでも分離可能」など、いくつか利点があることが分かりました。

しかし裏付けとして論文を探してみてもSDS−PAGEやアガロースゲル電気泳動に匹敵するほどは出てきません。某知恵袋ではコストの面があるという回答がありましたが、本当にそれだけでしょうか?

なぜ依然あまり利用されていないのでしょうか?

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