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(無題) 削除/引用 No.7843-4 - 2019/04/25 (木) 11:34:30 - Cock 橘様 ありがとうございます。できました。おかげさまで理屈がわかりました。 qq様 実際はパスを通してやっております。

(無題) 削除/引用 No.7843-3 - 2019/04/25 (木) 10:58:38 - qq ＞java -jar /path/to/trimmomatic-0.39.jar ここの/path/to/が何か誤解してんじゃない？？ trimmomatic-0.39.jarをフルパスで指定しなさいということだとおもうけど、そうなっているのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.7843-2 - 2019/04/24 (水) 22:35:56 - 橘 オプションの順序を入れ替えて、MINLEN:30を最後にしてみてください。

Trimmomaticがうまくいきません 削除/引用 No.7843-1 - 2019/04/24 (水) 17:42:50 - Cock RNA-seqデータのTrimmomaticによるトリミングがうまくいかずに 困っています。お知恵をお貸しください。 使用したコマンドは下記になります。 java -jar /path/to/trimmomatic-0.39.jar SE -threads 12 \ -phred33 -trimlog log.txt /path/to/input.fastq \ /path/to/output.fastq MINLEN:30 TRAILING:20 \ SLIDINGWINDOW:4:15 トリミング後のFasrQC結果を見ると、TRAILINGオプションはworkしているようなのですが、 リード長30塩基以下のものが除去されていませんでした。何故でしょうか？ 原因や問題解決の方法について何かありましたご教示願います。 よろしくお願いいたします。 （ちなみに同じデータをprinseqを用いて同様のトリミングを行なった場合は、特に問題ありませんでした。）

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