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Qiagen kitの互換性 トピック削除
No.7851-TOPIC - 2019/04/27 (土) 03:51:04 - May
お世話になります。
今ラボでQiageのkitを使っているのですが、plasmidのmini prep kitがなくなりました。
なくなりそうなことに気づかずにオーダーもされていない状態です。
別のキットがありますので、それで代用できるかを知りたいです。
ありますのは
QIAamp dna mini kit
QIAquick Gel Extraction Kit

です。ともにsilica-membraneを使っていますので、使えそうですが、試された方はいらっしゃるでしょうか？
いずれにしてもどちらかを使うしかなさそうです。
また、RNA isolation kitとしてapplied biosystems picopureもあったのですが、こちらはsilicaを使っているかは不明ですが、RNA isolationとDNA isolation kitは同じような原理（シリカカラムあるいはイオン交換カラム）なのでしょうか？
　
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(無題) 削除/引用
No.7851-9 - 2019/04/29 (月) 08:40:32 - moz
訳あって、いろいろなminiprepキットでのエンドトキシン除去法を調べてみたら、アルカリSDSの中和・遠心後の上清にtween114を使い大部分のLPSを沈殿させて、グアニジンを含むシリカ結合溶液を上清に加えてカラムにアプライする方法が多かったですね。
多検体にはやや手間ですがこちらの方が安価です。

(無題) 削除/引用
No.7851-8 - 2019/04/28 (日) 21:47:31 - May
mpさん、mozさん、APさん、

エンドトキシンに関するご助言、ありがとうございます。
ぜひ考慮に入れたいと思います。
大変助かりました。
ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.7851-7 - 2019/04/28 (日) 17:45:00 - AP
その状況で私ならこうするかなというのは、
アルカリSDS法で塩析後の上清にアルコールを加えてアルコール沈殿でプラスミドを回収。これを適当量のTEにでも溶解してゲル抽出キットのバインディング溶液を三倍量ほど加え、あとはゲル抽出キットの系にのせて精製する。

プラスミドをゲル抽出で精製していると思えばゲル抽出キットでやるのには抵抗ない。
ゲル抽出キットで溶液中のDNAを精製するのはPCR産物の精製でもやってること。
最近のゲル抽出キットではカオトロピック塩としてグアニジンが使われているのが多いから、エンドトキシンを除くのにも効果ありそう。

(無題) 削除/引用
No.7851-6 - 2019/04/28 (日) 15:57:08 - moz
シリカカラムを用いたプラスミド精製法でエンドトキシンを減らす処方を探してみた。
ttps://patentimages.storage.googleapis.com/5f/f9/8e/0baafe3be94026/US20090240044A1.pdf

(無題) 削除/引用
No.7851-5 - 2019/04/27 (土) 20:53:34 - mp
miniprep用じゃないカラムだとLPSも結構精製されてくる印象があるので、transfection効率に影響する可能性があるかも。

(無題) 削除/引用
No.7851-4 - 2019/04/27 (土) 19:59:10 - May
腸管さん、

情報ありがとうございます。
試してみます。

APさん、

このプラスミドは細胞へのトランスフェクションで使い、なるべく効率を上げるために精製度を上げたく、また前回の実験との一貫性もなるべくほしいので、ふぇのくろ等での精製で違う結果（効果が弱いとか）が出るよなことは避けたいとおもっていました。もちろん別カラムを使っても同じ懸念はありますが、まだましかなと思っています。


>[Re:2] 腸管さんは書きました :
> QIAquick Gel Extraction Kit
>
> これでいけます。

(無題) 削除/引用
No.7851-3 - 2019/04/27 (土) 15:33:21 - AP
キットを使わずに精製する、という選択肢は無いわけね

(無題) 削除/引用
No.7851-2 - 2019/04/27 (土) 07:51:26 - 腸管
QIAquick Gel Extraction Kit

これでいけます。

Qiagen kitの互換性 削除/引用
No.7851-1 - 2019/04/27 (土) 03:51:04 - May
お世話になります。
今ラボでQiageのkitを使っているのですが、plasmidのmini prep kitがなくなりました。
なくなりそうなことに気づかずにオーダーもされていない状態です。
別のキットがありますので、それで代用できるかを知りたいです。
ありますのは
QIAamp dna mini kit
QIAquick Gel Extraction Kit

です。ともにsilica-membraneを使っていますので、使えそうですが、試された方はいらっしゃるでしょうか？
いずれにしてもどちらかを使うしかなさそうです。
また、RNA isolation kitとしてapplied biosystems picopureもあったのですが、こちらはsilicaを使っているかは不明ですが、RNA isolationとDNA isolation kitは同じような原理（シリカカラムあるいはイオン交換カラム）なのでしょうか？
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