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(無題) 削除/引用 No.7870-3 - 2019/05/08 (水) 10:47:39 - R CITE-seqというのを初めて目にしたので、少し調べてみました。 CyTOFはタンパクの発現populationだけを見て、 CITE-seqでは1細胞レベルで抗体の結合とRNA発現の 両方のpopulationを見る感じでしょうか。 CyTOFとCITE-seqの一番の違いは、その1細胞の RNA発現プロファイルを同時に取得できるかどうかでしょうね。 RNA発現プロファイルは置いておいて、 抗体結合プロファイルについてだと、 FACSは蛍光、CyTOFは重金属、CITE-seqは塩基配列で、 それぞれ抗体を標識して見分けるようですね。 CITE-seqもcompensation必要なさそうですね。 FACSでのFSC,SSCでのゲーティングに相当する部分や、 生死細胞のゲーティングはどうなるのでしょうか。 あと、CITE-seqだと一度に解析できる抗体の種類をCyTOFより増やせそうですね。 ひょっとしてここが一番の利点かも。 (CyTOFだと30種類程度でしたでしょうか) (抗体じゃなくて核酸アプタマーにするのもおもしろそう) 既にsingle cell RNA-seq導入しているところ向けかな。 雑感になってしまいましたが、勉強になりました。 ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.7870-2 - 2019/05/07 (火) 18:46:09 - asan RNAseqはタンパク質発現を見るのとは違うとおもうので、その二つは全くもって評価してるものが違うと思いますが。 基本的にscRNAseqはどれだけディーブによんだところでexpressionの抜けデータが技術的に生じる可能性があるので、100とか1000細胞とか評価することでポピュレーションで見て初めて傾向が得られる解析手法だと思います。 CytoFは別にやってることは基本的には従来の主に表面マーカーの抗体高原反応を蛍光色素でやってたのを蛍光ラベルの漏れ混みを重金属ラベルに変えることで無くしただけの技術と言えばそれまでです。ただ要はFACSなのでそのみたいものが検出できる良い抗体があればscRNAseqよりもはるかにちゃんとした発現プロファイルは得られる。ただし、CytoFの欠点は、重金属ラベルなので、感度の増幅が基本的にはできないので、もともと発現量が低い淡白については全然ダメダメのことがあったりするので、結局たいして使えないって言ってる人もいるので、BDなんかは頑張って色々な蛍光ラベルを利用して多次元展開するFACSマシーンを開発してる。数十とかになってくるので、コンペンセーションとかもちろんオートでやらないと基本的に無理です。

CyTOFとCITE-seqについて 削除/引用 No.7870-1 - 2019/05/06 (月) 21:18:57 - 受容体 1細胞レベルで蛋白質発現を測定する技術には質量分析計とフローサイトメトリーを組み合わせたCyTOFと、近年開発されたバーコード付き抗体を用いた1細胞RNA-seqであるCITE-seqの2つがあると思います。 どちらも1細胞レベルで蛋白質発現量を見るという点では一緒に思えるのですが、それぞれに利点・欠点はあるのでしょうか？ 値段や必要な機器はだいぶ違いそうですが…

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