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(無題) 削除/引用 No.7901-6 - 2019/05/20 (月) 22:24:13 - toto なお、先に書いたマクロの方法は、コマンドを見ればわかりますが、単純に、sharpen, find edge, thresthold(Huang)で画像を2値化して、fill holeをした後に、Analyze Particleをしたものです。なので、画像にあわせてパラメータや、処理を変える事ができます。ただ、いずれにしても、傷跡に相当するROIの自動検出はやってくれないのでどれに相当するかを確認しながら、エクセルで面積の減少を調べることになります。画像さえよければ、シンプルですが、なかなか使えます。

(無題) 削除/引用 No.7901-5 - 2019/05/20 (月) 20:02:12 - toto たぶん、ImageJのマクロで https://imagej.nih.gov/ij/macros/WH_NJ.txt にあるWH_NJ.ijm というのをつかうのが自動化に近いように思います。 これはPluginではなくマクロなので、上にあるページを丸ごとコピーして、ImageJの新規マクロとして登録し、動画を開いてこのマクロをRUNさせれば、つけた傷の領域を含めて、画像処理されて2値化されたすべての間隙の面積や形態データがRESULTにでてきます。認識されたすべての領域はROI managerに登録されています。 詳しくは BioTechniqueに出ています。 ImageJ macros for the user-friendly analysis of soft-agar and wound-healing assays doi 10.2144/000114535 をお読み下さい。

(無題) 削除/引用 No.7901-4 - 2019/05/20 (月) 10:49:01 - wwn 自動、半自動でマクロやプラグインを作る場合、細かな処理の方法などImageJ Forumで質問をするとかなりの確率で解決方法や、意見がもらえると思います。 もし投稿する場合はおそらく今回の場合、サンプル画像をアップしてほしいと言われると思いますのでそちらも一緒に投稿するとよいかもしれません。 https://forum.image.sc 私はここでのやり取りを眺めているだけでも勉強になるのでちょくちょく覗いています。

(無題) 削除/引用 No.7901-3 - 2019/05/20 (月) 07:03:34 - 悲しみの男 ありがとうございます。 自動でしたり、2値化したりしようとして細胞の隙間などで 線が本来の位置からずれてたりしたので、手動でやってみます。

(無題) 削除/引用 No.7901-2 - 2019/05/20 (月) 04:27:25 - おお 処理する数にもよるけど、細胞の縁を手動でなぞってしまえばどうかな

ひっかきアッセイのImageJ解析 削除/引用 No.7901-1 - 2019/05/19 (日) 22:59:52 - 悲しみの男 お世話になっております。 現在ひっかきアッセイの結果をImageJで解析しております。 macroを用い面積測定をしようとしましたが、 淵の線がひっかきのきずや黒い点などを認識し 細胞の線からずれてしまいます。 2値化など調べましたが要領を得ませんでした。 ImageJに関して分かりやすいサイトなどご存知でしたらご教授頂ければ幸いです。 宜しくお願いします。

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