Bio Technical フォーラム

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酵母の全ゲノムを読むのに必要な・・・ トピック削除
No.7936-TOPIC - 2019/05/29 (水) 18:26:20 - 長
ある出芽酵母の全ゲノム配列を解析する必要があるのですが

酵母の全ゲノムを次世代シーケンサー解析に受託でお願いする場合

何bpくらいシークエンスしてもらえば全長がカバーできる物なのでしょうか?

酵母のゲノム量は12Mbpと記憶しておりますが

普通は想定ゲノムサイズの何倍ぐらいの遺伝子量をシークエンスする物なのでしょうか?

よろしくお願い致します
 
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(無題) 削除/引用
No.7936-3 - 2019/06/02 (日) 07:09:40 - mom
「規程」>「規定」の変換ミスですね。失礼しました。

(無題) 削除/引用
No.7936-2 - 2019/05/30 (木) 21:19:42 - mom
専門の方がお答えすべきですが、
どれくらい(深く)読むかは、目的、対象(材料)、使うシークエンサーによって変わります。
費用を気にしているのでしょうか。
最低でも、下記のような情報がないとお答えできないと思います。
「ある出芽酵母」とは、リファレンスゲノムが公開されているものですか?
ゲノムシークエンスする目的は何でしょうか?変異解析ですか?
シークエンス解析はご自分でする予定でしょうか?
成書もありますが、実際に委託するなら業者のしっかりしたコンサルタントを受けることをお勧めします。出口(必要な情報)をしっかり規程しないと膨大なデータが持ち腐れになります。

酵母の全ゲノムを読むのに必要な・・・ 削除/引用
No.7936-1 - 2019/05/29 (水) 18:26:20 - 長
ある出芽酵母の全ゲノム配列を解析する必要があるのですが

酵母の全ゲノムを次世代シーケンサー解析に受託でお願いする場合

何bpくらいシークエンスしてもらえば全長がカバーできる物なのでしょうか?

酵母のゲノム量は12Mbpと記憶しておりますが

普通は想定ゲノムサイズの何倍ぐらいの遺伝子量をシークエンスする物なのでしょうか?

よろしくお願い致します

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