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初歩的な統計解析について トピック削除
No.8118-TOPIC - 2019/07/30 (火) 03:13:23 - sumi
大変稚拙な内容で恐縮ですが、統計解析手法に疑問があり、質問させてください。

今私はある膜タンパク質のスクロース密度勾配法による分画を行なっています。

10分画あり、あるセルラインにおいてそのタンパク質は90%が分画8に濃縮しています。残り10%は分画7と分画9に5%ずつ存在しています。

ある薬剤にてそのセルラインを刺激すると、分画2にそのタンパク質が増加しました。予想通り分画8ではそのタンパク質の減少傾向が認められました。3回実験を繰り返し、傾向は一致しています。

この時の統計解析について質問があります。

私はttestを用いて、行おうとしたのですが、分画2に関しては統計的な有意差を出せましたが、分画8では出ませんでした。

私が行った方法は以下の通りです。

分画2の3回の実験データ(%)はそれぞれ、(未刺激時)0.3、0.5,0.2.(刺激時)1,2,2.6でした。
この2つを対ではないデータとしてttestしたところ、p=0.03となりました。

一方、分画8の3回の実験データ(%)はそれぞれ、(未刺激時)90、90,87.(刺激時)86,86,87
でした。この2つを対ではないデータとしてttestしたところ、p=0.065となりました。

私は分画8の減少をどうにかして有意差を出したいです。
まず実験回数を増やすこと。それ以外に、そもそもTtestでやってはいけないのではとの疑念をいだきました。
各分画でそれぞれ統計解析するのではなく、分画1から分画10までを同じ土俵上で比較して、pを出すのが正しいのではないかと思っていますが、これはどうすればいいでしょうか?ANOVAという方法で行うのでしょうか?

統計解析手法に明るくないのでご指摘ご教示していただけませんでしょうか?
どうかよろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.8118-5 - 2019/08/03 (土) 00:37:32 - おお
>0%は下回らないし、100%は超えられないのですから、
>79〜119%の範囲に95%が

それをいったら実測値でも0以下はないですし。


さいころを100回振って1が出る数という事でも統計的には正規分布で対応しますし。

Welchを使えという指摘ならありえる選択肢だと思いますが。

(無題) 削除/引用
No.8118-4 - 2019/08/03 (土) 00:16:18 - とおり
%に対してTTESTしてるんですか?
数字を出すわけにいかないので%で書いてるだけですか?
%で検定してるならば、ですけど、比率にTTESTに違和感を感じませんでしたか?
比率は、正規分布やt分布を仮定できないでしょう?
0%は下回らないし、100%は超えられないのですから、平均値を中心に左右対称な分布にはならないので。
平均99%で標準偏差10%なら、2シグマの範囲つまり79〜119%の範囲に95%が入ってくる、なんてことにはならないですよね?100%を超えることはないのですから。

(無題) 削除/引用
No.8118-3 - 2019/07/30 (火) 04:48:19 - sumi
おお先生

素早いご返答をいただきましてありがとうございます。

大変納得いきました。とても助かりました。
重ねてお礼申し上げます。ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.8118-2 - 2019/07/30 (火) 04:38:43 - おお
>私は分画8の減少をどうにかして有意差を出したいです。

分画2に1%ぐらいの増加で、分画8で減るのは1%ぐらい。測定誤差を考えるとかなり苦しいのではないでしょうか。有意差を出したいという意図的な操作がいいとも思えないですが、やれるとしたら分画7、8、9の合計で統計処理してみてはどうかと思います。あるいは同じサンプルを3回測り平均して正確性を上げるという事もできなくはないですけど。そもそも分画2で増えているのだから分画8に来るべきものがそちらにシフトしたと考えるのが妥当で、あまり統計に縛られる必要はないと思います。

>そもそもTtestでやってはいけないのではとの疑念をいだきました。
>各分画でそれぞれ統計解析するのではなく、分画1から分画10までを同じ土俵上で比較して、pを出すのが正しい

特定の分画におけるタンパク量の比較ならTtestでいいと思います。同じ土俵上ってどういう事でしょうか。全体のプロファイルを見るとするならば相当複雑な事をしないといけないと思いますが、現実的ではないように思います。念の為各フラクションの量をプロットしたプロファイルは図にしておいたほうがいいと思います。または、WBの図とかでもいいですけど。

初歩的な統計解析について 削除/引用
No.8118-1 - 2019/07/30 (火) 03:13:23 - sumi
大変稚拙な内容で恐縮ですが、統計解析手法に疑問があり、質問させてください。

今私はある膜タンパク質のスクロース密度勾配法による分画を行なっています。

10分画あり、あるセルラインにおいてそのタンパク質は90%が分画8に濃縮しています。残り10%は分画7と分画9に5%ずつ存在しています。

ある薬剤にてそのセルラインを刺激すると、分画2にそのタンパク質が増加しました。予想通り分画8ではそのタンパク質の減少傾向が認められました。3回実験を繰り返し、傾向は一致しています。

この時の統計解析について質問があります。

私はttestを用いて、行おうとしたのですが、分画2に関しては統計的な有意差を出せましたが、分画8では出ませんでした。

私が行った方法は以下の通りです。

分画2の3回の実験データ(%)はそれぞれ、(未刺激時)0.3、0.5,0.2.(刺激時)1,2,2.6でした。
この2つを対ではないデータとしてttestしたところ、p=0.03となりました。

一方、分画8の3回の実験データ(%)はそれぞれ、(未刺激時)90、90,87.(刺激時)86,86,87
でした。この2つを対ではないデータとしてttestしたところ、p=0.065となりました。

私は分画8の減少をどうにかして有意差を出したいです。
まず実験回数を増やすこと。それ以外に、そもそもTtestでやってはいけないのではとの疑念をいだきました。
各分画でそれぞれ統計解析するのではなく、分画1から分画10までを同じ土俵上で比較して、pを出すのが正しいのではないかと思っていますが、これはどうすればいいでしょうか?ANOVAという方法で行うのでしょうか?

統計解析手法に明るくないのでご指摘ご教示していただけませんでしょうか?
どうかよろしくお願いいたします。

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