Bio Technical フォーラム

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数Kbのバイサルファイトシークエンスの結果の可視化ソフト トピック削除
No.812-TOPIC - 2012/08/03 (金) 21:32:01 - hone
数Kbの領域にわたってバイサルファイトシークエンスを行っているのですが、その情報の整理に少し困っています。
何番目のCがメチル化されているかをグラフィカルに表示するソフトは見つけられたのですが、塩基単位の塩基配列と転写因子結合領域などの情報とともにメチル化部位を可視化できるソフトというのはあるのでしょうか。
もしあったらご教授して頂けると幸いです。よろしくお願いいたします。
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.812-4 - 2012/08/13 (月) 18:56:10 - hone
>ema様
大規模解析のデータ解析のソフトは有償だったので諦めました。情報ありがとうございました。

>Harmonia様
最終的に、紙と色鉛筆のような感じで、BioEditを使って解析することにしました。御助言ありがとうございました。

次世代の 削除/引用
No.812-3 - 2012/08/06 (月) 15:42:12 - ema
アレイや次世代シークエンサーも含んだメチル化解析ソフトなどは?
http://www.netwell.co.jp/life-science/software/mutation-surveyor.html
http://www.rsi.co.jp/kagaku/cs/partek/product_gs.html
これがhoneさんのデータをどこまであてることができるかは不明ですが。

(無題) 削除/引用
No.812-2 - 2012/08/04 (土) 10:45:58 - Harmonia
そういうソフトがあるかどうかは知りませんが...

仰る結果って、手書きで表現できるんでしょうか?
まずは「こういう絵が欲しい」っていう具体的な指標が無いと
さがしにくいかも。それに、見つかるとは限らないから、紙と
色鉛筆で作るのも大事かと。

数Kbのバイサルファイトシークエンスの結果の可視化ソフト 削除/引用
No.812-1 - 2012/08/03 (金) 21:32:01 - hone
数Kbの領域にわたってバイサルファイトシークエンスを行っているのですが、その情報の整理に少し困っています。
何番目のCがメチル化されているかをグラフィカルに表示するソフトは見つけられたのですが、塩基単位の塩基配列と転写因子結合領域などの情報とともにメチル化部位を可視化できるソフトというのはあるのでしょうか。
もしあったらご教授して頂けると幸いです。よろしくお願いいたします。

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