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IC50の算出方法 トピック削除
No.8121-TOPIC - 2019/07/30 (火) 11:22:22 - mi
計算の仕方が合っているのか不安になったので、どなたか確認していただけるとありがたいです。

私は現在、ある物質の殺菌効果を調べる実験をしています。
そこで、IC50を測定するように言われ、今まで先輩から教えてもらった方法でやっています。


計算方法は、まずOD値(y)と濃度(x)をImageJというソフトに入力し、”Rodbird”という曲線近似関数を使って近似式を出し、その式から、濃度0の時の50%のOD値を算出し、これをIC50としています。

式は以下のようになります。
Formula(y = d + (a - d) / (1 + (x/c)^b) )


ソフトで近似式を出すと、パラメータ(a,b,c,d)が出るので、実験で得られたy(濃度0の時の菌のOD値 * 0.5)とパラメータa、b、c、dを使ってx(50%のときの物質の濃度)を出す、という感じです。


先輩はこの方法を取っていましたが、確認程度に使っていただけで、今回私が本格的にこの実験をすることになり、このやり方で卒論を書いてもいいものなのか不安になったためトピックを立てさせていただきました。


論文も探したのですが、肝心の近似式を出すところまでしっかり書いてあるものはなく、不安になりました。(あっても別のソフトを使っているなど)

よろしくお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.8121-3 - 2019/07/30 (火) 15:36:13 - mi
>おおさん

レスありがとうございます。
おっしゃる通り、勉強不足でお恥ずかしい限りです。

回帰分析などの知識が全くなく
やみくもに調べていましたが、頂いたURLからこの式がどういったモデルなのかがわかり、調べるうえで非常に参考になりました。

ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.8121-2 - 2019/07/30 (火) 12:47:12 - おお
本格的とか言う前に少し調べたらどうでしょうか。


https://www.graphpad.com/guides/prism/6/curve-fitting/index.htm?reg_dr_inhibit_variable.htm

https://www.sciencegateway.org/protocols/cellbio/drug/hcic50.htm

IC50の算出方法 削除/引用
No.8121-1 - 2019/07/30 (火) 11:22:22 - mi
計算の仕方が合っているのか不安になったので、どなたか確認していただけるとありがたいです。

私は現在、ある物質の殺菌効果を調べる実験をしています。
そこで、IC50を測定するように言われ、今まで先輩から教えてもらった方法でやっています。


計算方法は、まずOD値(y)と濃度(x)をImageJというソフトに入力し、”Rodbird”という曲線近似関数を使って近似式を出し、その式から、濃度0の時の50%のOD値を算出し、これをIC50としています。

式は以下のようになります。
Formula(y = d + (a - d) / (1 + (x/c)^b) )


ソフトで近似式を出すと、パラメータ(a,b,c,d)が出るので、実験で得られたy(濃度0の時の菌のOD値 * 0.5)とパラメータa、b、c、dを使ってx(50%のときの物質の濃度)を出す、という感じです。


先輩はこの方法を取っていましたが、確認程度に使っていただけで、今回私が本格的にこの実験をすることになり、このやり方で卒論を書いてもいいものなのか不安になったためトピックを立てさせていただきました。


論文も探したのですが、肝心の近似式を出すところまでしっかり書いてあるものはなく、不安になりました。(あっても別のソフトを使っているなど)

よろしくお願い致します。

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