今年のSummer Studentがやった失敗に似てる。ゲルの組み立てが甘くて（NuPAGEのミニゲル）、泳動中に徐々にバッファーが漏れてしまって、泳動が終わったと思ってみてみたら途中までしか流れていなかった。バッファはウェルのところよりも下まで減っていた、ということだった。見てみたら、トピ主さんの言うような（マーカーの流れが悪く、バンドサイズが小さくなるにつれて重なってぼやけている個所もあり）という感じになってた。失敗の形は色々あったもんだな、と感心したよ。
試しにそのまま最後まで進めてみてどうなるかと見てみたけれど、
>@泳動不十分の際も所定の位置に目的バンドは確認できるのか。
出来なかった。見たいバンドのサイズが小さくて、流れた（と思った）下限に近かったからか？泳動終了時に見た時は、マーカーの色から下限よりはそこそこ上の位置に来るはずだから大丈夫だろうと思ったのだが……。バンドの形がいびつで、一つのバンド内で濃いところと薄いところが現れたりしてた。
>A泳動時間（マーカー及びサンプルの流れ具合）によってどれくらい検出精度に影響がでるのか
質問の意図するところがイマイチわからないけれど、現実問題として自分だったらその検出の結果は信頼しない。いつも通りかもしれないし、そうでは無いかもしれない、みたいな結果は役に立たん。
トピ主さんは「泳動をしたのですが、調子が悪く」と書かれているけれど、何が理由で泳動がいつもと同じにならなかったか心当たりありますか？私はゲルの組み立てだと思うけど、おおさんの言うようなSDSの入れ忘れ（でも、今は泳動バッファも全部入りの濃縮のストック溶液を買って水で薄めてやる所が多い気がする）かもしれないし、また全然別の理由かもしれない。この理由によって考察の仕方も違うものになると思う。 |
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