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(無題) 削除/引用 No.8252-4 - 2019/09/16 (月) 19:33:32 - T 橘さん、ご回答ありがとうございます 試しにfigtreeで恐竜の系統樹を作ってみると、思い通りのものが出来ました。とても困っていたので助かりました。教えて頂きありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.8252-3 - 2019/09/16 (月) 04:19:34 - 橘 なお、私が系統樹の描画に使用しているプログラムは、MEGAとFigTreeです。 どちらもNewick形式には対応しています。 ベクター画像として取り込んで編集するなら、FigTreeの方が良いと思います。

(無題) 削除/引用 No.8252-2 - 2019/09/16 (月) 04:15:10 - 橘 系統樹描画プログラムは、ほとんどはNewick形式に対応しています。 Newick形式は、メモ帳などのテキストエディタで開くと以下のような形式になっています。 (((A,B),(C,D)),(E,F)); これをテキストエディタで作成してプログラムで開けば、望みの系統樹の画像が得られますよ。 OTUが大量だと大変ですが、30OTUくらいまでなら大したことはありません。 枝の長さを入れる場合は以下のようにします。 (((A:1,B:2):1,(C:2,D:3):1):3,(E:2,F:5):5); ブートストラップ値も入れる場合は以下の形式になります。 (((A:1,B:2)95:1,(C:2,D:3)99:1)100:3,(E:2,F:5)100:5);

既に判明している系統関係の系統樹描画 削除/引用 No.8252-1 - 2019/09/16 (月) 03:22:48 - T 私は、古生物に関するスライドを作るときに系統樹を線やワードボックスを組み合わせて作っていますが、面倒であるので、何かソフトを使って自分の思い通りの系統樹を作れないか調べていますが、塩基配列などから分子系統樹を作るものが多く、中々見つかりません。探しているのは ・自分で種の系統関係を入力すると系統樹を描画する ・線の色を変えられたり単系統群などを色をつけて示せる(となお良い) ものです。 あまりバイオ系のソフトについて詳しくないので丁寧に教えて頂けると助かります。また、このような方法で私はやっているというのがあれば是非教えて下さい。

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