Bio Technical フォーラム

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おすすめのRNA-seq用ライブラリー調整キット トピック削除
No.8270-TOPIC - 2019/09/25 (水) 14:42:17 - Tany
いつも参考にさせていただいております。
今回、植物サンプルを用いたRNA-seqの系を立ち上げようと思い色々と思考しています。現在様々な会社からRNA-seq用のライブラリー調整キットが販売されており価格もピンキリなのですが、価格と性能のバランスのよい皆様のお勧めのキットがありましたらお教えていただけますでしょうか.

次世代シークエンサーはイルミナ社のNextSeq500を利用する予定です。
また、そんなに大量のサンプル数を扱う予定はないので小容量で販売されているキットが好ましいです。
実際の使用感など皆様のご経験をお教えください。
よろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.8270-4 - 2019/09/27 (金) 17:55:19 - あ
NEBNext Ultra II RNAを使ってます

(無題) 削除/引用
No.8270-3 - 2019/09/27 (金) 10:21:04 - Tany
も様
お返事ありがとうございます.
微量サンプルを用いる予定はありませんので使用できるcDNA量は特に制限ありません.断片化は酵素法で行う予定です.ライブラリ濃度の定量はqPCRを利用します.
以上の条件から使用可能なキットとして以下をリストアップしています.

・SMARTer® Stranded RNA-Seq Kit
・NEXTflex™ Rapid Directional RNA-Seq キット
・KAPA Stranded RNA/mRNA-Seq Kit (for illumina)
・NEBNext® Ultra™ RNA Library Prep Kit for Illumina®
(イルミナ社のキットは小容量のセットがないので却下)

しかし,これらのうちどれを選ぶのが賢いのか・・・
もしこれらのキットを使用されたことがある方がいらっしゃいましたら是非使用した感想を教えてください.よろしくお願いします.

(無題) 削除/引用
No.8270-2 - 2019/09/26 (木) 16:44:14 -
あまり経験があるわけではないですが。準備できるcDNA量はどのくらいか,cDNAを細断する装置はあるか(なければ酵素法を選択),できたライブラリ濃度を定量する装置はあるか(なければ qPCR に置き換え可能な標準化プロトコルを採用)などで,ある程度選別されると思います。

おすすめのRNA-seq用ライブラリー調整キット 削除/引用
No.8270-1 - 2019/09/25 (水) 14:42:17 - Tany
いつも参考にさせていただいております。
今回、植物サンプルを用いたRNA-seqの系を立ち上げようと思い色々と思考しています。現在様々な会社からRNA-seq用のライブラリー調整キットが販売されており価格もピンキリなのですが、価格と性能のバランスのよい皆様のお勧めのキットがありましたらお教えていただけますでしょうか.

次世代シークエンサーはイルミナ社のNextSeq500を利用する予定です。
また、そんなに大量のサンプル数を扱う予定はないので小容量で販売されているキットが好ましいです。
実際の使用感など皆様のご経験をお教えください。
よろしくお願いいたします。

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