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電気泳動槽の違い トピック削除
No.8342-TOPIC - 2019/10/22 (火) 18:39:32 - baffa-
多くのラボではDNAの電気泳動には水平型の電気泳動槽を、SDS-PAGEでは垂直型の電気泳動槽を使っていると思います。
どういった理由でこのような使い分けがされているのでしょうか?
逆を使うことは可能なのでしょうか?

流す分子というよりは、ゲルの種類によって使い分けているのでしょうか…。

ふと疑問に思いましたが、調べても答えが見つからなかったのでこちらにて質問させていただきます。
 
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(無題) 削除/引用
No.8342-13 - 2019/10/26 (土) 09:00:42 - おお
なんか斜めに流すって聞いたことがあるような気がするなぁ。それのこと言ってるのかなぁ。

(無題) 削除/引用
No.8342-12 - 2019/10/25 (金) 20:04:11 - BCGG
斜めの作る。滑り台型gel。角度によって泳動時間が変わる。いつか作る。

(無題) 削除/引用
No.8342-11 - 2019/10/25 (金) 03:25:14 - おお
>水平式のSDS−PAGEはある。装置みたことある。やったことないけど。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1538630/

つくって論文にしている人もいた。

(無題) 削除/引用
No.8342-10 - 2019/10/25 (金) 01:19:37 - sdxft
水平式のSDS−PAGEはある。装置みたことある。やったことないけど。

(無題) 削除/引用
No.8342-9 - 2019/10/24 (木) 16:17:41 - AP
初期のMupidは、一式購入するとアクリルアミドゲル作成用のプレート(ゲル板の上に狭い空間を残して上面を覆う)が標準装備だったこともあったなあ。
あと、セルロース膜などで電気電気泳動するためのプラットホームも。

(無題) 削除/引用
No.8342-8 - 2019/10/24 (木) 14:51:39 - WInter-8
私は垂直型でアガロースゲル電気泳動していますよ。
SDS-PAGEゲルよりも厚めの専用のゲル板が市販されています。
短所は、ガラス板ではめるためコームが外れにくい、ガラス板からアガロースゲルを外しにくい、厚めと言ってもサブマリン式よりも薄いので割れやすいなど...
長所は、サブマリン式よりもゲルが大きいので分離が良いこと。楽に切り出しできます。

あまりジーンワークをしないので、これでも十分ですが、
使用頻度が多いならサブマリンでしょうね。

(無題) 削除/引用
No.8342-7 - 2019/10/24 (木) 09:06:47 - 中年
昔、隣のラボが垂直型の底をアクリルアミドゲルで作って、その上にアガロースを流し込んでDNAの泳動に使っていました。

(無題) 削除/引用
No.8342-6 - 2019/10/24 (木) 06:26:34 - おお
サブマリン型(水平型)では陰極と陽極でバッファーを変えたりゲルのバッファーをStackinngとResolvingで変えたりとかそういう工夫ができませんね。

アガロースとアクリルアミドのちがいはポアサイズのレンジでアクリルアミドのほうが小さいのでプラスミドほど大きくない蛋白は分子サイズで分けるときはアクリルアミドのほうが分解能がいい(分子サイズ以外で分けるときはアガロースも選択肢)。数百bpやそれ以下のながさのDNAなどはアガロースでは分解能が良くなくアクリルアミドでやることもあります。逆に巨大な蛋白や蛋白複合体ならアガロースを使うことがあってもおかしくないと思います。

>アガロースはガラス面への接着が弱いので垂直型だとずり落ちます

これは全くその通りですが、工夫して垂直型で流す場合もまったくないわけではないですね。。

(無題) 削除/引用
No.8342-5 - 2019/10/23 (水) 12:03:41 - AA
ちなみにDNAの分離のためにアクリルアミドゲルを使うことも可能です。
特に短いDNA鎖(一本鎖または二本鎖)の分離に優れています。
あんまりやられないと思いますが、タンパクをアガロースゲルで泳動することも可能です。

(無題) 削除/引用
No.8342-4 - 2019/10/22 (火) 21:12:53 - baffa-
mon様
勉強になりました。ありがとうございます!

(無題) 削除/引用
No.8342-3 - 2019/10/22 (火) 19:01:22 - mon
熱に弱いアガロースゲルは、ゲルが冷却されるサブマリン型(水平型)が適しているのも理由ですね。

(無題) 削除/引用
No.8342-2 - 2019/10/22 (火) 18:59:52 - mon
アガロースはガラス面への接着が弱いので垂直型だとずり落ちます(強度が弱いので高さによっては下方が潰れるかも?)
アクリルアミドは空気に触れると固まらないので、両面を挟むゲル板がよく、その状態でサンプルをアプライしやすい垂直型が適しています(水平型がないわけではない)。

電気泳動槽の違い 削除/引用
No.8342-1 - 2019/10/22 (火) 18:39:32 - baffa-
多くのラボではDNAの電気泳動には水平型の電気泳動槽を、SDS-PAGEでは垂直型の電気泳動槽を使っていると思います。
どういった理由でこのような使い分けがされているのでしょうか?
逆を使うことは可能なのでしょうか?

流す分子というよりは、ゲルの種類によって使い分けているのでしょうか…。

ふと疑問に思いましたが、調べても答えが見つからなかったのでこちらにて質問させていただきます。

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