全3件 ( 1 〜 3 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.8348-3 - 2019/10/24 (木) 14:06:56 - AP 1) 実験的データ(cDNA配列、transcriptiome)があれば、NCBIほかデータベースで見つかるでしょう。モデル生物ならgenome viewerなんかに転写産物（各種バリアントを含め）もマップされているのがあるはず。 念の為言うと、3' UTRに用があるからと言って3' UTR配列を探しに行くんじゃなくて、あくまでも転写産物、cDNAの配列情報を取りに行くのです。そこから3' UTRと抜き出すのは何の手間でもない。 2)既存のデータがなくても実験的に自前で調べることは容易。3' RACEでもすればよろしい。

(無題) 削除/引用 No.8348-2 - 2019/10/24 (木) 02:08:53 - おお データーベース www.ncbi.nlm.nih.gov/gene ここで検索するとその遺伝子の情報が得られるので、そこからRefSeq＃などを拾い上げる。 www.uniprot.org/ 蛋白のデーターベースだが、mRNAの情報ものっている。 useast.ensembl.org/index.html ここで遺伝子を検索するしTranscriptsの情報をみる。 場合によっては抗体のカタログや業者のカタログのshRNA発現ベクター検索結果などからRefSeq #がわかることもある。cDNA売っているところもそうだと思うOrigeneとかかな。 Googleで遺伝子名と多分Geneというワードを入れて検索するとWikiのその遺伝子の解説が引っかかることがあるので、そこからRefSeq#などが手に入る。 文献検索はやっておくこと。たまにSplicing IsoformやPolyAサイトの違いが発現パターンに影響することがあるし、実際にクローニングされた論文でそのバリエーションに関して情報があるかもしれないから。

DNAの3'UTR配列の見つけ方に関して 削除/引用 No.8348-1 - 2019/10/23 (水) 21:00:11 - ぽよん 細胞株にあるmiRNAとある遺伝子の3'UTRを合成したオリゴDNAを組み込んだルシフェラーゼベクターを導入しレポーターアッセイを行いたいと考えております。3'UTRの合成を業者に受託しようと考えております。 ・3'UTRの配列は既出文献から探して見つけるものでしょうか？ ・他に探し方などありますでしょうか？ 初心者で間違えがありましたら失礼します。 よろしくお願いします。

全3件 ( 1 〜 3 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する 名前  メール  　アドレス非公開    タイトル  本文       設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます） 上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません） 解決（問題が解決した際にチェックしてください） 暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。 送信

---

〔使い方〕 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。

---