Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

GAPDHに有意差 定量PCR トピック削除
No.8404-TOPIC - 2019/11/14 (木) 07:16:59 - GAPDH
いつもありがとうございます。

GAPDHに2群間で有意差がついてしまいました。
本筋の遺伝子発現の比較に影響が出てしまうのでしょうか?
およそですが、以下の状況です。
A群はRNA抽出のみ、引退済のポスドクが行い、B群は抽出からPCRまですべて私が行いました。
ΔΔで計算すると有意にA群の方が遺伝子発現が高いという結果になります。

A群 GAPDH 21.0 比べたい遺伝子 27.0
B群 GAPDH 21.8 比べたい遺伝子30.0
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



6件 ( 1 〜 6 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.8404-6 - 2019/11/14 (木) 09:59:27 - asan

>A群はRNA抽出のみ、引退済のポスドクが行い、B群は抽出からPCRまですべて私が行いました。

そもそも別の人間が別のタイミングでサンプル調整したら厳密にうなら比較するのは実験誤差が大きくなりやすいのでリスキーだと思いますが。
組織サンプルとかで避けようがないのでない限り通常は同じ人が同時にサンプル調整を行います。

GAPDHが変化したことによってずれたのか、単に定量の問題、純度やRNAの質の問題かは解釈によりますが、絶対定量ではないのでCt値が違うだけで単純にどうこうという実験ではないと思います。

(無題) 削除/引用
No.8404-5 - 2019/11/14 (木) 09:28:26 - ちき
ΔΔCtで比較するつもりなら、GAPDHのCt値の差はそもそも問題にならない。GAPDHのmRNA量に違いがある可能性を考えているなら、GAPDH以外のreferenceをおくしかない。
単純な話だと思いますが。

(無題) 削除/引用
No.8404-4 - 2019/11/14 (木) 09:18:32 - h
GAPDHじゃないものをコントロールにすればいいのでは?

(無題) 削除/引用
No.8404-3 - 2019/11/14 (木) 09:10:37 - おお
>A群 GAPDH 21.0
>B群 GAPDH 21.8

この結果において発現に差があるとは言えません。なのでどのようにしてそういう結論に至ったのかわかりません。この値Ctですよね。

ま、A群で発現が高いのはそれらしいですね。

(無題) 削除/引用
No.8404-2 - 2019/11/14 (木) 07:59:23 - この推し
GAPDHは代謝に関連する酵素なので条件では変わったりします。

GAPDHに有意差 定量PCR 削除/引用
No.8404-1 - 2019/11/14 (木) 07:16:59 - GAPDH
いつもありがとうございます。

GAPDHに2群間で有意差がついてしまいました。
本筋の遺伝子発現の比較に影響が出てしまうのでしょうか?
およそですが、以下の状況です。
A群はRNA抽出のみ、引退済のポスドクが行い、B群は抽出からPCRまですべて私が行いました。
ΔΔで計算すると有意にA群の方が遺伝子発現が高いという結果になります。

A群 GAPDH 21.0 比べたい遺伝子 27.0
B群 GAPDH 21.8 比べたい遺伝子30.0

6件 ( 1 〜 6 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。