早速まずは3サンプルほどだけ試してみましたが、コロニーPCRでの簡易チェックのみ終えた段階での話なんですけど、コロニー数・ポジティブクローンヒット率（あくまでコロニーPCRでのチェックですが、基本的に擬陽性のない確実な系です）ともに、切り出しした場合と比べてほとんど遜色ない（どちらもやや落ちてる印象はありますが、とりあえず当たりは容易に拾えました。定量的な話じゃなくて恐縮ですが）という結果となりました。
（ちなみに、一部の塩基が違うだけで、基本的に同じベクター・ほぼ同じインサートを用いた系での比較です。）
ということで、お作法としては褒められたものじゃないかもしれませんが、インサート側の、AP処理されていない切れ端断片が仮に共存していても(※注)絶対に問題になるわけではなく、必ずしもゲル抽出は必要ないと考えていいのかな、という気がします。
（もちろん「テンプレートとなるプラスミドが存在しないなら」という条件であり、ややレアなパターンな気もしますが。）
まさにAPさんのおっしゃる通りで、競合してもそれがバックを高めるものでもないのだから、そこまで気にするこたぁあるめぇ、という話ですかね。
※注：なお、LPAは、今回のエタ沈には間に合いませんでした。よって、共沈剤はGlycogenを用いたので、小言幸兵衛さんがお示しいただいた資料によると、ほぼ100％に近く切れ端断片は残存していたことになると思われます。
ちなみにLPAですが、エタノールを加えた瞬間、噛み終えたガムみたいなクソデカ白沈が生じたのですが、そんなもんなんでしょうか…？？
その白沈は、最後水に溶解する段階でも容易には溶けてくれず、結構な量のダマが存在し続けたため、件のエタ沈の利用には間に合わなかったという経緯なんですけど、頑張って溶かした後、最終標品にも、微妙にダマが存在しているままでした（その状態のものを、微量の沈殿は吸わずに、上清だけを採取した形です）。
こんなので問題ないんですかね…？
後ほど実際にテストしてみる予定ですが、経験談として「それでいい」「いや何か間違ってる」等ありましたら、ご教示いただけると幸いに存じます。 |
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