〜さんへのお答えにならないことをあらかじめお断りしておきます。
> このやり方だとある遺伝子断片に特異的なプライマーしか設計できず、抗体遺伝子断片が同定しなくても増幅可能なユニバーサルプライマーの設計は不可能でしょうか？
cDNAからなら可能です（というか〜さんは、すでにクローン化しているのですからお分かりですね）。私はCH,Cu領域からのリバースプライマーと、5'RACEプライマーでクローン化しました。5'側（promoter一部-分泌シグナルをコードしている配列は、バリエーションが多くて（私には）ユニバーサルプライマーの設計は出来ませんでしたので、5'RACEプライマーを使用しました。
ゲノムDNAからですと、調べたことがないのでわかりません。
cDNA（CDS）内部に共通配列はなくはないので、１本では無理でしょうが、複数本のユニバーサルプライマー（CH,Cu領域からのリバースプライマーと組み合わせて使用する）が設計できるかもしれません。
>よく論文で見かけるゲノム上のプライマー設計は、一度cDNAから抗体遺伝子断片を決定したうえで、逆戻りでゲノムの配列を決定しているのでしょうか？
わかりません（勉強不足）。
> みなさんがcDNAではなく、なぜゲノム上の配列を解読しているのか
私にも不明です（勉強不足）。exon-intron構造の正常性を確認しているのかな？
もしかして、マウスゲノムの解読以前の論文ではないでしょうか？
そうなら多少意義はありそうですが。
以下のような経験があります。不安定なhybridomaから２つ以上の軽鎖cDNAがクローンされたことがありました（ただし配列上正常なのは一つ）。
結局すべての組み合わせで組換えIgGを発現させて抗原結合性を調べ、目的の抗体遺伝子を同定しました。
またhybridomaには抗体遺伝子が増幅しているものがあるので、複数クローンのcDNAを読んだ方がよいです。PCRのエラーか否か不明ですが、ミスセンス変異があるものがとれたことがあります（この場合８クローンくらい読みましたが5:3の比率でしたし、どちらも抗原に結合したのでどちらが元か分からず）。 |
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