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DNAアセンブリと制限酵素クローニングの比較 トピック削除
No.8499-TOPIC - 2019/12/16 (月) 05:13:13 - 尚
質問させてください。

DNAアセンブリと制限酵素クローニングの比較に関して興味があります。
後者ではこれまで長くやってきた経験から気構えることなく任務を完了できています。
ただここにきて、DNAアセンブリに挑まないと越せない壁、というものにうち当たっています。

ギブソンアセンブリ、HIFIアセンブリ、In-Fusionアセンブリがある中で、HIFIアセンブリが評判、コスト共に良さげです。

方法はベクターとホモロガスな15-20bp配列を両末端に持たせたPCR産物と、線状プラスミドを試薬と混ぜてできあがりとなります。非常に簡単です。ただ、ベクターの方もPCRで増幅しなくてはならない手間を考えると、どちらが正味いいのかなと考えています。

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No.8499-6 - 2019/12/16 (月) 18:57:47 - ちき
すでに回答がありますが、SLiCEでXhoIサイトやBamHIサイトを使ったことがあります。特に問題はありませんでした。脱リン酸化も何もしていません。

逆に平滑末端を使ったことがないです。

(無題) 削除/引用
No.8499-5 - 2019/12/16 (月) 18:11:10 - 通りすがりのひと
平滑にする必要はありません

(無題) 削除/引用
No.8499-4 - 2019/12/16 (月) 16:28:16 - 通りすがりのひと
下記は in fusonのプライマー設計ツールです。

SliCEクローニング(http://www.cc.kyoto-su.ac.jp/~motohas/motohashi_lab/oyakudachi_others_SLiCE.html)にも使用できます。

https://www.takara-bio.co.jp/infusion_primer/infusion_primer_form.php

一度作ってみるといいですよ。

(無題) 削除/引用
No.8499-3 - 2019/12/16 (月) 16:10:34 - 尚
チキ様、ベクターはPCRで増幅する必要はないんですね・・・知りませんでした。
もし制限酵素カットするならば、やはり平滑末端になるように調製する必要があるのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.8499-2 - 2019/12/16 (月) 08:58:59 - ちき
vectorをPCR増幅するのは必須ではありませんし、実際、制限酵素切断したvectorとPCR増幅したinsertの組み合わせでassemblyしています。配列を合わせればいいだけです。

DNAアセンブリと制限酵素クローニングの比較 削除/引用
No.8499-1 - 2019/12/16 (月) 05:13:13 - 尚
質問させてください。

DNAアセンブリと制限酵素クローニングの比較に関して興味があります。
後者ではこれまで長くやってきた経験から気構えることなく任務を完了できています。
ただここにきて、DNAアセンブリに挑まないと越せない壁、というものにうち当たっています。

ギブソンアセンブリ、HIFIアセンブリ、In-Fusionアセンブリがある中で、HIFIアセンブリが評判、コスト共に良さげです。

方法はベクターとホモロガスな15-20bp配列を両末端に持たせたPCR産物と、線状プラスミドを試薬と混ぜてできあがりとなります。非常に簡単です。ただ、ベクターの方もPCRで増幅しなくてはならない手間を考えると、どちらが正味いいのかなと考えています。

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