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ネガティブコントロールsiRNAの導入による影響 トピック削除
No.8505-TOPIC - 2019/12/17 (火) 11:08:56 - リポF
お世話になっております。
今回、vitroにおいてsiRNAを用いて目的タンパクのKDを行い、フローサイトメーターにてタンパク量を確認する実験を行いました。
目的のタンパクの発現量の低下は確認できたのですが、コントロールsiRNA(Luc)をトランスフェクションした系でも、発現量の低下が確認されてしまいました。
Llpofectamine RNAimaxを用いてトランスフェクションしており、MOCKの系ではタンパク発現の変化は確認されませんでした。
コントロールとなるsiRNAの導入が影響して、タンパクの発現量が下がってしまうというようなことはあるのでしょうか?
 
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No.8505-5 - 2019/12/17 (火) 19:12:03 - み
何の細胞を使っているの知らないですが、FACSでみているあたりから浮遊系かなと想像します。
導入効率が100%ってことはありえないと思うので、siRNA導入細胞をFACSで観察した場合、導入された細胞はピークが左にシフトするだろうけど、非導入細胞はMockと同等の位置にピークとして観察されているのでしょうか?
全体的に左にシフトしているなら検出系が最適化されていない可能性を疑う。

こでを言ったら失礼なレベルですが、接着系細胞をトリプシンではがしてFACSしているとかだったら膜蛋白が消化されて正しく評価できないだろうと思う。

(無題) 削除/引用
No.8505-4 - 2019/12/17 (火) 18:33:04 - リポF
お二方ともお返事ありがとございます。

み さん
説明不足でしたが、rnai maxのみの系でも同様にFCMをやった結果、タンパク量の低下は確認されませんでした。

お二人の意見を合わせると、やはりsiRNAが導入された影響で何かしらの変化が起きたと考えるのが無難なのでしょうか

論文等で、そのあたりのデータを探してみようとおもいます。
ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.8505-3 - 2019/12/17 (火) 12:48:22 - み
初代神経細胞培養系ではLuc control-siRNAは有意に突起伸展やシナプス形成に悪影響を及ぼすという類の論文があったと思う。

あなたの実験ではControl-siRNAが影響を及ぼしたのか、リポフェクション処理による単なる毒性なのか区別できない。

色々な適当なsiRNAを導入するだけで興味遺伝子が上昇、下降することはいくらでもあるだろう。

(無題) 削除/引用
No.8505-2 - 2019/12/17 (火) 11:37:16 - s
siRNA自体が自然免疫系を刺激してしまって、何かしらの誘導を起こしてしまうことはあり得ると思います。

ネガティブコントロールsiRNAの導入による影響 削除/引用
No.8505-1 - 2019/12/17 (火) 11:08:56 - リポF
お世話になっております。
今回、vitroにおいてsiRNAを用いて目的タンパクのKDを行い、フローサイトメーターにてタンパク量を確認する実験を行いました。
目的のタンパクの発現量の低下は確認できたのですが、コントロールsiRNA(Luc)をトランスフェクションした系でも、発現量の低下が確認されてしまいました。
Llpofectamine RNAimaxを用いてトランスフェクションしており、MOCKの系ではタンパク発現の変化は確認されませんでした。
コントロールとなるsiRNAの導入が影響して、タンパクの発現量が下がってしまうというようなことはあるのでしょうか?

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