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Iimage Jでのczi画像観察について トピック削除
No.8550-TOPIC - 2020/01/10 (金) 11:55:49 - ひねりっこちゃん
Carl Zeiss LCM780で撮影し保存したczi.ファイルを観察しようと思い、Image Jおよびbio-formatsプラグインをダウンロードしました。
Image J のPluginsタブをクリックすると、bio-formatsの項目がありますのでプラグイン導入は完了していると思われます。
その状態から、File→Openをクリックし、対象のczi.ファイルをクリックしても画像が表示されません。Exceptionというウインドウが開き、以下のようなコードが表示されています。ネットで検索しても、どういう状況なのかいまいちわかりません。
どなたか解決策についてご教授頂けると幸いです。

ImageJ 1.52a; Java 1.8.0_112 [64-bit]; Windows 10 10.0; 16MB of 1450MB (1%)

java.lang.NumberFormatException: null
at java.lang.Integer.parseInt(Integer.java:542)
at java.lang.Integer.parseInt(Integer.java:615)
at loci.formats.in.ZeissCZIReader.translateExperiment(ZeissCZIReader.java:2151)
at loci.formats.in.ZeissCZIReader.translateMetadata(ZeissCZIReader.java:1214)
at loci.formats.in.ZeissCZIReader.initFile(ZeissCZIReader.java:699)
at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1317)
at loci.plugins.in.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:494)
at loci.plugins.in.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:144)
at loci.plugins.in.Importer.showDialogs(Importer.java:141)
at loci.plugins.in.Importer.run(Importer.java:79)
at loci.plugins.LociImporter.run(LociImporter.java:81)
at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:221)
at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:185)
at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:174)
at HandleExtraFileTypes.openImage(HandleExtraFileTypes.java:266)
at HandleExtraFileTypes.run(HandleExtraFileTypes.java:37)
at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:221)
at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:185)
at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:174)
at ij.io.Opener.openWithHandleExtraFileTypes(Opener.java:515)
at ij.io.Opener.openImage(Opener.java:369)
at ij.io.Opener.openImage(Opener.java:242)
at ij.io.Opener.open(Opener.java:109)
at ij.io.Opener.open(Opener.java:72)
at ij.plugin.Commands.run(Commands.java:27)
at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:191)
at ij.Executer.runCommand(Executer.java:137)
at ij.Executer.run(Executer.java:66)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)
 
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解決いたしました。 削除/引用
No.8550-7 - 2020/01/21 (火) 14:33:48 - ひねりっこちゃん
FIJIに変更したところ何の滞りもなく解決いたしました。
ご返答頂いた皆様ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.8550-6 - 2020/01/14 (火) 09:48:48 - wwn
ここで質問してみてはいかがでしょうか。

https://forum.image.sc

(無題) 削除/引用
No.8550-5 - 2020/01/12 (日) 10:14:41 - サンショウウオ
https://pypi.org/project/czifile/

JavaでなくPythonならこちら

(無題) 削除/引用
No.8550-4 - 2020/01/12 (日) 10:13:20 - サンショウウオ
オープンな.cziデータのサンプルがあれば、ちょっと試してみたいのだが。

(無題) 削除/引用
No.8550-3 - 2020/01/10 (金) 13:34:08 - TS
>ImageJではなく、Fijiをインストールしてみるといかがでしょう?
それだけで解決しそうな気がします。

そう。これ。

(無題) 削除/引用
No.8550-2 - 2020/01/10 (金) 13:22:45 - qq
ImageJではなく、Fijiをインストールしてみるといかがでしょう?
それだけで解決しそうな気がします。

Iimage Jでのczi画像観察について 削除/引用
No.8550-1 - 2020/01/10 (金) 11:55:49 - ひねりっこちゃん
Carl Zeiss LCM780で撮影し保存したczi.ファイルを観察しようと思い、Image Jおよびbio-formatsプラグインをダウンロードしました。
Image J のPluginsタブをクリックすると、bio-formatsの項目がありますのでプラグイン導入は完了していると思われます。
その状態から、File→Openをクリックし、対象のczi.ファイルをクリックしても画像が表示されません。Exceptionというウインドウが開き、以下のようなコードが表示されています。ネットで検索しても、どういう状況なのかいまいちわかりません。
どなたか解決策についてご教授頂けると幸いです。

ImageJ 1.52a; Java 1.8.0_112 [64-bit]; Windows 10 10.0; 16MB of 1450MB (1%)

java.lang.NumberFormatException: null
at java.lang.Integer.parseInt(Integer.java:542)
at java.lang.Integer.parseInt(Integer.java:615)
at loci.formats.in.ZeissCZIReader.translateExperiment(ZeissCZIReader.java:2151)
at loci.formats.in.ZeissCZIReader.translateMetadata(ZeissCZIReader.java:1214)
at loci.formats.in.ZeissCZIReader.initFile(ZeissCZIReader.java:699)
at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1317)
at loci.plugins.in.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:494)
at loci.plugins.in.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:144)
at loci.plugins.in.Importer.showDialogs(Importer.java:141)
at loci.plugins.in.Importer.run(Importer.java:79)
at loci.plugins.LociImporter.run(LociImporter.java:81)
at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:221)
at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:185)
at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:174)
at HandleExtraFileTypes.openImage(HandleExtraFileTypes.java:266)
at HandleExtraFileTypes.run(HandleExtraFileTypes.java:37)
at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:221)
at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:185)
at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:174)
at ij.io.Opener.openWithHandleExtraFileTypes(Opener.java:515)
at ij.io.Opener.openImage(Opener.java:369)
at ij.io.Opener.openImage(Opener.java:242)
at ij.io.Opener.open(Opener.java:109)
at ij.io.Opener.open(Opener.java:72)
at ij.plugin.Commands.run(Commands.java:27)
at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:191)
at ij.Executer.runCommand(Executer.java:137)
at ij.Executer.run(Executer.java:66)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)

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