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(無題) 削除/引用 No.8559-5 - 2020/01/15 (水) 10:29:03 - ちき すぐ横に更に2コピーあるように見えます。遺伝子名(locus名)は、染色体上で順にREFA1、REFA4、REFA3、REFA2。 こんな論文もありました。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9484469

(無題) 削除/引用 No.8559-4 - 2020/01/15 (水) 10:12:44 - おお >>遺伝子のDuplicationが起こっているようですね ＞これは一般的によくあることなのでしょうか？ 生物全般によくあることですが、一つの遺伝子をとってみるとそうでもない（そうでないように見える）ことが多いです。Duplicationがおこってそれぞれに違う変異が蓄積して、少し違う働きをする遺伝子に別れたという事も結構あります。遺伝学などの初歩的なものでいいからまずは勉強してください。そうでないと上記のことも理解が進まないかも。 ＞なぜ複数の遺伝子が登録されるのかが全く理解できません... 遺伝子座が違うからです。

(無題) 削除/引用 No.8559-3 - 2020/01/15 (水) 09:20:04 - tk おお様 　ご回答ありがとうございます。 　>>遺伝子のDuplicationが起こっているようですね 　これは一般的によくあることなのでしょうか？タンパクの翻訳領域は同じようなので、イントロン部分に違いがあると思うのですが、なぜ複数の遺伝子が登録されるのかが全く理解できません... 　 　>>文献で使っている配列を調べてみるほうが 　参考にしている文献では同じようにリアルタイムPCRを行っているので、その論文と同じ遺伝子を使うことにします。ありがとうございます。 　ただ、なぜその筆者がその遺伝子を使ったのかが理解できません。また、今後先行研究がない遺伝子を扱う際にはどうしたらいいのか...

(無題) 削除/引用 No.8559-2 - 2020/01/15 (水) 00:58:45 - おお 植物は扱っていませんので、インターナルコントロールとして使うことに関してコメントできませんが、、、 https://rapdb.dna.affrc.go.jp/viewer/gbrowse_details/irgsp1?name=Os03g0177400;feature_id=39178 Position: chr03:4094567..4097436 (+ strand) https://rapdb.dna.affrc.go.jp/viewer/gbrowse_details/irgsp1?name=Os03g0177500;feature_id=39179 Position: chr03:4099985..4102960 (+ strand) 両者についてはポジションが重なっていないので遺伝子のDuplicationが起こっているようですね。配列がどれくらい一致しているか確認していませんが、、、 elongation factor 1aを使った文献からその文献で使っている配列を調べてみるほうが早いかもしれません。

イネのゲノムデータベースについて 削除/引用 No.8559-1 - 2020/01/14 (火) 19:53:40 - tk 　いつもお世話になってます。 　イネの遺伝子を扱う方にお伺いしたいことがあります。 　現在、イネのゲノムデータベースはRAPとNSFがメジャーかと思いますが、論文で引用する場合はどちらのデータベースを使うのが一般的でしょうか？ 　また、リアルタイムPCRを行うにあたり、「elongation factor 1α」をリファレンスに用いようと考えています。この遺伝子をRAPで検索したところ、複数の結果がヒットしてくるのですが (similar to 〇〇という形で表示されています。CDS領域は同じ配列でした)、これらの検索結果は何なのでしょうか？ 　elongation factor 1αの配列としてどれを用いればいいかわからなく、困っております。 　ラボで遺伝子を扱うのが初めてなもので、私自身理解できていない部分があるかと思いますが、ご教授頂ければ幸いです。

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