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RNAseqとqPCRについて トピック削除
No.8607-TOPIC - 2020/01/30 (木) 16:57:26 - ka
RNAシークエンスについての質問です。
RNAシークエンスの結果からDEseq2を使ってDEGを出しました。発現変動を確認するために、出てきたDEGをqPCRを使って発現量比較してみたのですが、RNAシークエンスと逆の遺伝子変動になってしまいました。
このようなことはよくあるのでしょうか。また原因として考えられることがあれば教えていただきたいです。
 
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No.8607-5 - 2020/01/30 (木) 18:57:13 - ka
ちきさん

ご回答ありがとうございます。
ちょっと読んでみて参考にしたいと思います

(無題) 削除/引用
No.8607-4 - 2020/01/30 (木) 18:54:22 - ka
れさん

ご回答ありがとうございます。
サンプルとしてはマウスからとってきた組織からRNAを抽出し、cDNA化し・・・と言ったものです。
発現を見た遺伝子に関しては主に酸化的リン酸化関連の遺伝子群です。(Ndufb2、Cox8aなど)
採取した時間までは覚えていないのですが、だいたい同じ時間に実験はするので大きくは変わらないかなと思います・・・

(無題) 削除/引用
No.8607-3 - 2020/01/30 (木) 18:38:43 - ちき
比較的よく聞く話のような気がします。まあanomalyだから話題になるのでしょうが。

https://www.nature.com/articles/s41598-017-01617-3

(無題) 削除/引用
No.8607-2 - 2020/01/30 (木) 18:01:05 - れ
Circadian rhythm など発現が振動する遺伝子を拾ったとか?
材料の状態やサンプリング規模はどんなふうですか。

RNAseqとqPCRについて 削除/引用
No.8607-1 - 2020/01/30 (木) 16:57:26 - ka
RNAシークエンスについての質問です。
RNAシークエンスの結果からDEseq2を使ってDEGを出しました。発現変動を確認するために、出てきたDEGをqPCRを使って発現量比較してみたのですが、RNAシークエンスと逆の遺伝子変動になってしまいました。
このようなことはよくあるのでしょうか。また原因として考えられることがあれば教えていただきたいです。

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