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(無題) 削除/引用 No.8622-9 - 2020/02/05 (水) 18:00:33 - AA 私も単に"targeted insertion"という意味合いでよく"ノックイン"を使用しますが、 先に指摘されているように、knock-inの"knock"は"knock-out"に由来するので、 遺伝子破壊を伴う場合に使う、と決めている先生も多くいらっしゃいます。 逆に遺伝子破壊を伴う場合をbicistronicなinsertionと区別するために "ノックアウトノックイン(KOKI)"という表現をする人もいらっしゃいます。 慣例的表現である上に、そこらじゅうで方言化していますので、 正確さが要求される場面ではそれ相応の記述を選ぶのが一番だと思います。

(無題) 削除/引用 No.8622-8 - 2020/02/05 (水) 17:46:19 - Mak ちきさん 追加のご指摘有難うございます。 では私が最初に述べたケースも、ノックインと言って間違いではないのですね。有難うございました。

(無題) 削除/引用 No.8622-7 - 2020/02/05 (水) 12:32:15 - ちき ノックインが遺伝子置換に限る、という解釈には同意しません。wikipediaにも、"a knock-in (or gene knock-in) refers to a genetic engineering method that involves the one-for-one substitution of DNA sequence information in a genetic locus or the insertion of sequence information not found within the locus."と書いてある。(置換あるいは挿入)

(無題) 削除/引用 No.8622-6 - 2020/02/05 (水) 11:55:20 - Mak みなさん、ご指摘有難うございます。 ノックインという言葉に、「endogenousの遺伝子と外来遺伝子を置換する（挿入座の遺伝子の破壊を伴う）」という意味が込められているという事を知りませんでした。また、もともととは俗語のような成り立ちであったことも知りませんでした。 勉強になりました。有難うございました。

(無題) 削除/引用 No.8622-5 - 2020/02/05 (水) 09:37:50 - ちき knock-outはともかく、knock-inは(tagged/inserted/integrated) by homologous recombinationみたいに書いたほうが意味するところはより明確だと思う。特に論文の場合。 あと関係ないですが、酵母だと(バクテリアも?)knock-outよりもdisruptionのほうが一般的ですね。

(無題) 削除/引用 No.8622-4 - 2020/02/04 (火) 23:55:07 - AP transgenicはもちろんtransgene、導入遺伝子から来ていて、「transgeneを持ったもの」という形容詞だな。宿主のゲノムに加えて外来の遺伝子を人為的に持たされたものだな。コピー数云々は手技の原理上たまたまそうなるというだけで本質的でない。 ノックアウト、ノックインというのは今じゃ学術用語のような扱いをされているようだが、もともとjargonというか俗語、業界内の隠語の類だということを意識して欲しい。もともとは狙った遺伝子を破壊するgene targeting 遺伝子標的法を、遺伝子を動けなくすることからknock-outカジュアルに表現されるようになった。単に動けなくするだけでなくレポーターなど外来の遺伝子を標的遺伝子に入れ込むのを、out の対してinだっちゅうことで、シャレでknock-inと表現され始めた。ちなみに人為的RNAiをknock-downと言い始めたのもシャレ。 手技にかかわらず、遺伝子を破壊するのをKnock-out、同時に外来遺伝子を入れ込むのをKnock-inというなら、CRISPRを使おうが、確率的な相同組換えを使おうが、knock-out/inでしょう。だけどそういったjargon一言で表現するより、実際に何をどうしてどうなったかをきちんと記載するのが誠実だと思います。 まあ伝統的に業界の人たちは、シャレが効いてるのがカッコいいと思う風潮があるようですけどね。Southernさんが発明したSouthern blot、そこからシャレで命名されたNorthern blot (RNA blot)、Western blot (immuno blot)、一時、South-westernやNorth-western、Southerncrossなんてのもあった。そんな例、まだまだあるはず。

(無題) 削除/引用 No.8622-3 - 2020/02/04 (火) 19:36:04 - Nanasi トランスジェニックは、本来のendougenousな遺伝子の位置以外に1つ以上のコピーのexogenous な遺伝子が入っていて。 ノックインというのは、endogenous な遺伝子の位置にexogenousな遺伝子と「置き換える」（だから基本的にコピー数は変わらない）と言う定義が一般的だと思ってましたが違うのでしょうか？ 　 最後の例みたいなのは、endogenous な遺伝子が残ってるならノックインと言わない気がしますが、どうなんでしょう？ 単に「挿入した」ではダメなんでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.8622-2 - 2020/02/04 (火) 19:17:57 - AA 所詮は慣例的な言い回しなのでだいたいそのとおりでいいのではと思いますが、 -トランスジェニック＝遺伝子改変と捉える場合 -ノックイン＝挿入座の遺伝子の破壊を伴うと捉える場合 など、人によって定義がまちまちなので、 「カセットをノックインした」という言い回しは論文では使わないことをおすすめします。

トランスジェニックとノックイン 削除/引用 No.8622-1 - 2020/02/04 (火) 18:59:27 - Mak 言葉の定義と使い方について教えてください。 トランスジェニックとは、ゲノムのランダムな場所に１〜数コピーの外来遺伝子が挿入されることを指し、それに対しノックイン/ノックアウトは標的とした位置で編集が行われ、標的遺伝子の機能を欠失させる場合はノックアウト、レポーター遺伝子など挿入する場合はノックインと呼ぶと理解しています。 CRISPR/Cas9システムを使って、標的遺伝子の終止コドン直前に「P2A-eGFP-polyA」カセットを相同組み換えにより挿入した場合、「カセットをノックインした」という表現で間違いはありませんでしょうか？

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