Bio Technical フォーラム

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20塩基ほどRNAの検出 トピック削除
No.864-TOPIC - 2012/08/24 (金) 17:56:45 - おばん
最近、分化などに関わる遺伝子では、その転写開始点から
20塩基ほどRNA合成が進んだところでRNA polymerase II
が停止している(pol-II pausing)という現象が有るらしい
です。そこで質問なのですが、このように短い(20塩基
ほど)のRNAを培養細胞から抽出して検出することは可能で
しょうか?

そんな試みをされた人はおそらく少なく、また私もRT-PCR
がやっと出来るくらいの素人なのでよく分かりませんが、
多分、エタ沈の高率は大変悪いと思われます。またRT-PCR
のプライマーを設定するのも難しく、ノーザンでメンブレ
ンにトランスファーするのも難しそうです。幾つかの会社、
例えばmirVanaという名前のmiRNAの抽出、検出キットがLife
technologiesという会社から出ています。またmicroRNA
Extractor(Wako)やNucleoSpin(Takara)、というのもあるよ
うです。もし、使用された経験(miRNAの検出という用途で
もかまいません)のある方がおられましたら、使い勝手や
ご意見などお聞かせ願えますと幸甚です
 
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(無題) 削除/引用
No.864-3 - 2012/08/24 (金) 22:45:01 - M
miRNAの検出は、よくやっておりますが、Looped-RT PCRを用いRealtime PCRで検出を行なっております。
カラム精製ですが、私は、QIAGENのカラムを使っております。

(無題) 削除/引用
No.864-2 - 2012/08/24 (金) 18:01:05 - g
RNA exosome knockdownして検出
oligoでtarget RNAをキャプチャー&濃縮して検出

divergent transcription in Scienceの幾つかの論文を見なさい。

20塩基ほどRNAの検出 削除/引用
No.864-1 - 2012/08/24 (金) 17:56:45 - おばん
最近、分化などに関わる遺伝子では、その転写開始点から
20塩基ほどRNA合成が進んだところでRNA polymerase II
が停止している(pol-II pausing)という現象が有るらしい
です。そこで質問なのですが、このように短い(20塩基
ほど)のRNAを培養細胞から抽出して検出することは可能で
しょうか?

そんな試みをされた人はおそらく少なく、また私もRT-PCR
がやっと出来るくらいの素人なのでよく分かりませんが、
多分、エタ沈の高率は大変悪いと思われます。またRT-PCR
のプライマーを設定するのも難しく、ノーザンでメンブレ
ンにトランスファーするのも難しそうです。幾つかの会社、
例えばmirVanaという名前のmiRNAの抽出、検出キットがLife
technologiesという会社から出ています。またmicroRNA
Extractor(Wako)やNucleoSpin(Takara)、というのもあるよ
うです。もし、使用された経験(miRNAの検出という用途で
もかまいません)のある方がおられましたら、使い勝手や
ご意見などお聞かせ願えますと幸甚です

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