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ウエスタンブロッティングのポジコンがない場合 トピック削除
No.8704-TOPIC - 2020/03/05 (木) 19:25:05 - kon
お世話になっております。
microRNAをトランスフェクションしたヒト腫瘍細胞株の標的遺伝子の発現解析を行うためウエスタンブロッティングを予定しております。
研究があまりされてない遺伝子でありデータシートではマウスの組織でした。
対策として
@過去の文献で発現があった細胞株を使用してみるというのはポジコンに
なりますでしょうか?
Aもし過去文献にもなければkDaで判断するしかないでしょうか?
よろしくお願いいたします。
 
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No.8704-7 - 2020/03/18 (水) 18:31:44 - AA
余計なバンドがでてしまうならむしろ必要なのはネガティブコントロールナノでは・・?

、と思いますが、ポジコンということであればご質問の通り、既報でWBに使用されている細胞株を用いるか、強制発現ベクターをトランスフェクションするのが妥当なところではないかと思います。

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No.8704-6 - 2020/03/09 (月) 23:36:54 - 5
positive controlは抗体で調べたいものが検出できない場合に、抗体がダメなのか、もともと発現がない/ 低いためなのかを判別するために行うのが目的と思うのですが、見たいものがうまく検出できないのでしょうか。
ポジティブコントロールは高度精製標品を使うかリコンビナントしかないと思うのですが、うまく検出できているなら、あえてする必要があるのかなあと思います。

(無題) 削除/引用
No.8704-5 - 2020/03/09 (月) 15:14:17 - おお
状況が把握できるように書いていただけないでしょうか?

あなたのコメントから考えられる事は

1)あなたの細胞株では100kDaのバンドとともに130kDaのバンドがありそれが特異的なバンドか知りたい。

2)あなたの細胞株では100kDaに期待したけれど130kDaにバンドが出てそれが特異的なバンドかしりたい。

1)であるなら130kDaで発現が確認されている細胞は130kDaのポジコンになりますが、サイズが違うと何を見ているのか分からないというのはかわらないです。

2)のばあい、あなたの電気泳動のシステム、実験環境などでにおいて、他では100kDaにでるバンドが130kDaにでるばあいを考えるなら電気泳動に対してのポジコンになります。

HeLaはウエスタンで特異的バンドが検出される条件が整っているかという点においてポジコンとして使えるでしょう。同様の条件でサイズがちがってもあなたの細胞でバンドがでるなら特異的なバンドである可能性は指摘できなくもないですが、完璧ではありません。

培養細胞ならKDやmRNA量が変わるような刺激でそのバンドが変動するかみるほうが特異性をいうにはよいと思います。

またその蛋白の細胞での局在が分かっているならFractionationしてその局在と一致するかなどを見る手もあるかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.8704-4 - 2020/03/09 (月) 13:57:48 - kon
ありがとうございます。
細胞株で毎回非特異的バンドが130kDaに出てしまっており、100kDaの抗体で行っているのですが、本当に正しいバンドかわからなくなってしまいました。例えば、プラスミドをHEK293など導入しやすい細胞に導入しポジコンとして行うという事でしょうか?
また、他メーカーに同じ抗体でHela細胞などを用いている結果があったのですがこれもHeLa細胞もポジコンとして適応できますか?
よろしくお願いいたします。

(無題) 削除/引用
No.8704-3 - 2020/03/06 (金) 04:11:53 - おお
どういう視点でのポジコンなのかピントきませんが、

>@過去の文献で発現があった細胞株を使用してみるというのはポジコンに
なりますでしょうか?

なるとは言えます。どういう視点でということはつきまといます。それでOKならマウスの組織もポジコンと言えばポジコンだと思います・

プラスミドから発現させてみたり、KDで見ているバンドが確からしいとかそういう実験もありかと。

(無題) 削除/引用
No.8704-2 - 2020/03/06 (金) 03:34:34 - あめちゃん
私ならプラスミドを構築して、それをポジコンに用いますね。

ウエスタンブロッティングのポジコンがない場合 削除/引用
No.8704-1 - 2020/03/05 (木) 19:25:05 - kon
お世話になっております。
microRNAをトランスフェクションしたヒト腫瘍細胞株の標的遺伝子の発現解析を行うためウエスタンブロッティングを予定しております。
研究があまりされてない遺伝子でありデータシートではマウスの組織でした。
対策として
@過去の文献で発現があった細胞株を使用してみるというのはポジコンに
なりますでしょうか?
Aもし過去文献にもなければkDaで判断するしかないでしょうか?
よろしくお願いいたします。

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