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タンパク質の吸着力を決める要因と関連するデータベース トピック削除
No.8778-TOPIC - 2020/04/16 (木) 18:20:23 - k
ある吸着膜A(Aの性質や素材は伏せます)とします。

等電点と分子量の似通った2つのタンパク質があり、
両方のタンパク質を含んだ水溶液中にAを数時間浸した際、
一方がAに吸着し、もう一方がしなかった場合、Aに吸着する要因は何が考えられますでしょうか?

立体構造が何かしら関係しているとは思うのですが、吸着に関連する性質を表示しているタンパク質のデータベース、あるいはアミノ酸配列から吸着性を予想したり関連する性質を調べたりできるデータベースのサイトはありますでしょうか。

spannerで立体構造を表示したりExpasyで疎水性指標を出したりしてみたのですが、吸着現象に対しどう考察すればいいか分からなくて困っています。

よろしくお願いします。
 
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No.8778-6 - 2020/04/18 (土) 18:01:20 - DSC
まずは、wikiで「吸着」を読むことからだな。
熱力学の法則を無視はできない。
吸着前後でのコンホメーション変化によるエントロピーの低下量の差。

(無題) 削除/引用
No.8778-5 - 2020/04/18 (土) 03:04:56 - k
皆さん、ありがとうございます。

タンパク質で見ると電荷の偏りが弱くとも、
分子内でのローカルな電荷の偏りで吸着する場合があるという理解でよろしいでしょうか。
電荷分布を調べられるデータベースはあるみたいなので、自分で調べてみます。
ご協力ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.8778-4 - 2020/04/17 (金) 14:17:51 - 爽健美
変性しやすさの影響も大きいと思います。特に疎水的な相互作用だと、タンパク質が変性して疎水的なコアが露出することが律速になりそう。しかも、たとえば熱安定性で測定できるような変性しやすさだけじゃなくて、非変性の状態でも疎水的なパッチがあって、いったんそこで吸着したときに、糸をたぐるように変性が進みやすい構造というのもあり得そうです。

(無題) 削除/引用
No.8778-3 - 2020/04/16 (木) 21:23:08 - AP
バルクの電荷による等電じゃなくて、分子内のローカルな電荷の分布が関係するんじゃないかと想像する。

(無題) 削除/引用
No.8778-2 - 2020/04/16 (木) 18:31:36 - おお
その吸着膜はどの様な相互作用をしうると、化学組成などから推測されますか?

吸着力は塩濃度やSurfactantなどでどの様に影響を受けますか?立体構造で電荷の分布を見ましたか?

タンパク質の吸着力を決める要因と関連するデータベース 削除/引用
No.8778-1 - 2020/04/16 (木) 18:20:23 - k
ある吸着膜A(Aの性質や素材は伏せます)とします。

等電点と分子量の似通った2つのタンパク質があり、
両方のタンパク質を含んだ水溶液中にAを数時間浸した際、
一方がAに吸着し、もう一方がしなかった場合、Aに吸着する要因は何が考えられますでしょうか?

立体構造が何かしら関係しているとは思うのですが、吸着に関連する性質を表示しているタンパク質のデータベース、あるいはアミノ酸配列から吸着性を予想したり関連する性質を調べたりできるデータベースのサイトはありますでしょうか。

spannerで立体構造を表示したりExpasyで疎水性指標を出したりしてみたのですが、吸着現象に対しどう考察すればいいか分からなくて困っています。

よろしくお願いします。

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