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(無題) 削除/引用 No.8789-7 - 2020/04/24 (金) 00:13:47 - 5 検出限界以下は0として扱うと本文に一言書けばいいのでは。ていうか、なんでもそうですが、こうしていいかどうかわからないときは、こうしました、と書いておけば、レビュアーやエディターが、適切な方法でないともったら、そうじゃなくてこうしなさいと指示があるのでそれに従えば良いのです。

(無題) 削除/引用 No.8789-6 - 2020/04/23 (木) 16:55:43 - asan KOがちゃんと起きてることを示すのは、本来ならばqPCRでもWBでもありません。基本的には、目的とする遺伝子領域のdeletionや組み替えがちゃんと生じてることを示せばそれが正しいと思います。あとは、ATG deletionとかindelでKOを作製した場合のKOの証明ですが、本来ならば、フェノティピックな表現系と合わせて示すべきことで、特定のprimer setやWBの領域をとって見えなくなってるからOKというのは厳密に言えば正しい議論ではないと思う。 ちなみに”not determined"は検出してないだろうけど、"not detected"や"under detection limit"とか言えば検出したが値が低すぎて検出できませんでしたということになるのだからそれが正解。0という値を定義することは難しいが、検出以下ならポジコンがある条件でやったならそれは真実だしね。 大規模データーとかの扱い方として、抜けデーターや検出感度以下の”検出”に対して便宜上低い数値を与えて外れ値をなくすとかそういう意味での処理の仕方の話になるならばそれはまた別の議論だと思います。でも低すぎて検出できなかったと合理的に筋の通るデータで、見える形で何倍って値がでてるものよりも信頼できないかというと全てのケースでそういう訳ではないと思いますよ。

(無題) 削除/引用 No.8789-5 - 2020/04/23 (木) 14:25:34 - ちき 検定なんかいらないだろ、というのには基本的に同意します。野生型の発現量の平均が検出下限から十分離れていれば(エラーバーの数倍とか)、検定はする必要ないでしょう。その上でどうしても検定したい時の話ですが、、 KO動物の遺伝子発現量を検出下限とすると分散は確かに0になりますが、その場合は一群のt検定(野生型の遺伝子発現量平均値がある定数から十分離れているかどうか)をすればいいのだと思います。Moderated t-testのように、野生型から分散の値を借りてきて二群のt検定をするという方法でもいいのかもしれませんが。 なお、qPCRで定量した遺伝子発現量の誤差は対数正規分布をしていると考えられるので、検定するなら対数変換後の値(あるいはΔΔCt値)に対してするべきだと思います。そうすると発現量を0とするとまずいことがわかるでしょう。qPCRで発現量0はCt値が無限大ということになるので、ちょっと違和感があります。

(無題) 削除/引用 No.8789-4 - 2020/04/23 (木) 13:04:51 - AP n.d この場合はnot determined （未測定）じゃなくてnot detected　(検出されず）でしょうね。 KOのホモ接合体のすべてがndなら、差があるのは自明のことで検定をかけるもでもない（検定とは何のためにするものかって問題）。 この場合、検定によって有意差をだすだけなら、ノンパラメトリックでも十分じゃないかと思います。 統計の理論は詳しくないので、だれか解説してくれるとありがたいのですが、 そもそも検出されなかった標本すべての値を０としようと検出最下限としようと、値のばらつきを無きものにしてしまうわけだから（分散ゼロ）t検定なんかは使えないだろうし、事例では一体どういう検定をしているのだろう？　そしてそれは許容できるものだろうか？

(無題) 削除/引用 No.8789-3 - 2020/04/23 (木) 12:11:54 - GG これまでの投稿でも、検出下限を用いるという意見があったと思います。 ttp://www.kenkyuu2.net/cgi-biotech2/biotechforum.cgi?mode=view;Code=1467 ttp://www.kenkyuu2.net/cgi-biotech2012/biotechforum.cgi?mode=view;Code=3813 ttp://www.kenkyuu2.net/cgi-biotech2012/biotechforum.cgi?mode=view;Code=6736

(無題) 削除/引用 No.8789-2 - 2020/04/23 (木) 09:27:11 - ちき 普通に考えれば、ゼロではなく検出下限の値を使うべきと思います。

not determined データをゼロとして扱う是非 削除/引用 No.8789-1 - 2020/04/22 (水) 23:26:14 - M1研究ロックダウン君 いつも参考にしています。 今回ノックアウト（KO）動物の遺伝子発現を測定する際のデータ処理についてお伺いします。 遺伝子AをKOし、これが確かに欠損していることを証明するときに 野生型、ヘテロKO、ホモKOの遺伝子発現臓器を採取して qPCR や western blot で mRNA、protein レベルでの欠損を示すと思います。 Western であればバンドが消失するので、これを図示したり、デンシトメトリで 数値化したりしてKOを示すことになると思います。 一方、よい抗体がない場合には、qPCRやその他の機能評価で代替せざるを得ないかと思います。 問題は、qPCR のデータを定量化しようと思ったときで、ホモKOの発現量は not determined になってしまいます。 この場合、発現量はゼロとして扱ってよいのでしょうか？ それとも、not determined のままで検定をかけないのが正しい・・・？？ 今回は「遺伝子が欠損していること」を示すのが目的で、 「有意な差があることを示す」のが目的ではないので 必ずしも検定はいらないのかなと考えていますが 論文を読んでおりますと、KO 動物のプロファイリングにおいても KO での遺伝子発現をゼロとして定量化し、統計検定している事例が散見されるため 本来はどうすべきなのか、教えてもらえますと幸いです。 同様の質問を過去ログを探してみましたが、見つけることができませんでした。 宜しくお願いします。

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