Bio Technical フォーラム

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神経科学関連の画像解析ソフト トピック削除
No.884-TOPIC - 2012/08/31 (金) 16:40:32 - Miyakon
神経細胞をカウントしたいと思っていますが、当方はほぼ初心者です。

私の場合、サンプル内の細胞数が少ないので、stereologyは不向きだと考えています。カウントする細胞数があまり多くない場合、統計処理が入るstereologyは控えた方がいいのかと思ったりしますが、この点についても私は素人ですので間違っていたらお教えください。

話しを戻しますと、serial section reconstructionして全細胞数をカウントしようかと今のところは考えています。

対象は免疫染色したものです。
手に入りやすいソフトとしてはImageJがありますが、私は深く使用した経験はありません。

一方、業者さんが、MetaMorph, Neurolucidaを紹介してくれています。
高価です。

業者さんがくれたMetaMorphのカタログには、adaptive background correction(ABC)という機能があって、すごくきれいに細胞を認識しています。免疫染色の背景に隠れてかすれているような細胞などを、まるで自分の目で見て確認したように認識しています。すごいアルゴリズムを使っているように感じました。

Free soft、安価、高価ソフト(特に上記のもの)についてご経験のある方、どのようなことでもよろしいのでお教え願えますか?「これは使いやすい!!」みたいな。。。
 
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(無題) 削除/引用
No.884-2 - 2012/09/01 (土) 00:54:27 - チンコ
iDEVは凄いアルゴリズムですよ。サーモフィッシャーのです。

神経科学関連の画像解析ソフト 削除/引用
No.884-1 - 2012/08/31 (金) 16:40:32 - Miyakon
神経細胞をカウントしたいと思っていますが、当方はほぼ初心者です。

私の場合、サンプル内の細胞数が少ないので、stereologyは不向きだと考えています。カウントする細胞数があまり多くない場合、統計処理が入るstereologyは控えた方がいいのかと思ったりしますが、この点についても私は素人ですので間違っていたらお教えください。

話しを戻しますと、serial section reconstructionして全細胞数をカウントしようかと今のところは考えています。

対象は免疫染色したものです。
手に入りやすいソフトとしてはImageJがありますが、私は深く使用した経験はありません。

一方、業者さんが、MetaMorph, Neurolucidaを紹介してくれています。
高価です。

業者さんがくれたMetaMorphのカタログには、adaptive background correction(ABC)という機能があって、すごくきれいに細胞を認識しています。免疫染色の背景に隠れてかすれているような細胞などを、まるで自分の目で見て確認したように認識しています。すごいアルゴリズムを使っているように感じました。

Free soft、安価、高価ソフト(特に上記のもの)についてご経験のある方、どのようなことでもよろしいのでお教え願えますか?「これは使いやすい!!」みたいな。。。

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